基于加权网络策略的胚胎干细胞分化相关因子的挖掘与分析的中期报告.docxVIP

基于加权网络策略的胚胎干细胞分化相关因子的挖掘与分析的中期报告 本项目主要针对胚胎干细胞（ESC）分化过程中的关键调控因子进行挖掘和分析。针对这一目标，我们使用了加权网络策略来建立ESC分化过程中的调控网络，并依据网络拓扑结构和基因表达数据对关键调控因子进行筛选。 在项目的前期工作中，我们首先收集了ESC分化过程中大量的基因表达数据，并对其进行预处理和分析。我们使用了R语言中的limma包进行差异表达基因分析，并通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路分析对差异表达基因进行注释和功能分析。这些分析结果为我们后续的调控网络构建和关键因子挖掘提供了重要的基础数据。 在基于加权网络策略构建调控网络时，我们首先使用了基因共表达网络构建方法，将基因根据其在ESC分化过程中的表达模式划分到不同的模块中，并计算不同基因模块之间的相互作用强度来构建ESC分化调控网络。我们还使用了建立共表达网络的标准模块化算法进行网络分析和模块划分，并利用Cytoscape软件进行网络可视化和分析。 在进一步分析构建好的网络时，我们采用了Centrality算法和模块性分析方法对网络中的关键节点和模块进行识别和分析。我们也结合差异表达基因分析和基因注释信息对不同模块中的关键基因进行鉴定和筛选。 在项目的后续工作中，我们将进一步对挖掘到的关键调控因子进行功能和机制分析，并结合验证实验进行验证与进一步探究。