生物信息学作业 .pdfVIP

1. 找到编码拟南芥phyA 基因的核酸序列编号，记录查找过程，并以FASTA 序 列格式显示列出。 2.从NCBI 上下载三条或者三条以上你感兴趣的一类基因或者蛋白（如血红蛋白 等）序列，通过Clustalx 软件进行比对，列出比对结果。 3. 2003 年，中国发生了著名的“非典”疫情。非典病毒很快被归为冠状病毒科 （Coronavirus ），某些专家宣称其是由果子狸上的某种已知冠状病毒自然变异而 来。然而，2003 年4 月16 日香港《大公报》援引俄罗斯院士的观点，指出非典 病毒是美国制造的生物武器，并非自然变异而来。中国国内的部分科学家也持类 似观点，认为非典病毒不能由冠状病毒自然突变而来。究竟哪种观点正确？如果 非典病毒不是由已知冠状病毒种类自然突变而来，那它最有可能由什么病毒人工 改造而来？ 请通过对以下序列的分析来得出结论。 广东分离并测序出的第一株SARS 毒株GD01 全基因组序列：NCBI 数据 库号为 AY278489 北京分离并测序出的第一株SARS 毒株BJ01 全基因组序列：NCBI 数据 库号为 AY278488 当时已知的冠状病毒科有三大类，即三个Group 。这里为简便起见，分别 给出三个Group 的模式代表病毒全基因组序列： Group1 代表病毒 HCoV-229E: NC_002645 Group2 代表病毒 BCoV: NC_003045 Group3 代表病毒 IBV: NC_001451 你也可以根据研究目的，使用其他的信息分析得出更加确定的结论，但作 业中必须包含以上序列分析的结果。 4. 根据不同SARS 病毒株基因序列，构建SARS 病毒系统树 病毒株 基因存取号 GZ01 AY278489 ZS-A AY394997 ZS-C AY395004 GZ-B AY394978 Palm civet AY627048 CUHK-AG01 AY345986 TW1 AY291451 Sin2500 AY283794 5. 从蛋白数据库中找出扩展青霉脂肪酶蛋白的一级结构和三级结构，并将其三 级结构以图片的形式保存输出。