生物信息学重点 .pdfVIP

生物信息学 一、定义 生物信息学(bioinformatics) 是美国学者林华安博士（H.A.Lim ）在1987 年首创。 广义的生物信息学：两层含义：1、海量数据的收集、整理与服务即管理好这些数据。 2、从这些数据中发现新规律。 狭义的生物信息学 ：最初分析基因组DNA 序列信息数据，以期获得丰富的生物学知 识，从而更深层次认识未知的生物世界。发展分析微整列、基因本体(gene ontology ,GO) 注释、分子图谱、结构数据等数据，阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的 基本规律的方法。从而更深层次认识未知的生物世界。 生物分子信息特征 ①生物分子信息数据量大 ②生物分子信息复杂 ③生物分子信息之间存在着密切的联系 研究内容 ①生物信息的收集、存储、管理与提供（基础内容） ②基因组序列信息的提取和分析 ③功能基因组分析 ④生物分析设计 ⑤药物设计 ⑥生物信息分析的技术与方法研究 ⑦应用与发展研究 ⑧系统生物学研究 一二级数据库 一级核酸数据库：核酸数据库:GenBank、EMBL 和 DDBJ 等。蛋白质序列数据库： Swiss-Prot。结构数据库：X 射线衍射和核磁共振结构测定。 PIR(Protein Information Resouce, PIR)、PDR(Protein Data Bank)等 二级核酸数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而 来的。 生物信息学研究意义（了解） 生物信息学研究意义 生物信息学将是 21 世纪生物学的核心 认识生物本质 了解生物分子信息的组织和结构，破译基组信息，阐明生物信息之间的关系 改变生物学的研究方式 改变传统研究方式，引进现代信息学方法，在医学上的重要意义 为疾病的诊断和治疗提供依据 为设计新药提供依据 二、数据库类型 生物信息学数据库类型 序列数据库(核酸序列数据库，蛋白质序列数据库) ，结构数据库，功能数据库，其它 专业数据库（非冗余参考序列数据库 RefSeq ，密码子使用数据库 Codon Usage Database CUTG ，基因可变剪接数据库ASDB ，转录因子数据库TRANSFAC ） 核酸序列数据库 GenBank ：美国国家生物技术信息中心（NCBI ） EMBL:欧洲生物信息研究所(EBI) DDBJ :日本国立遗传学研究所（NIG ） 特点（了解）：1、三大数据库具有不同的记录格式，但是对于核酸序列均采用了相同 的记录标准，同时可每天交换数据以达到数据的更新和一致。2、从地域而言，EMBL 主要 负责收集欧洲的数据 Genbank 负责美洲，DDBJ 则负责亚洲。 由于国际互联网的发展，用户可以任意地向其中任意一个数据库提交序列，所提交的 序列也将从公布之日起同时在该三大数据库中出现。 如何查找由 Zhu J 实验室于 2005 以后发表的, 与水稻有关的文献? 打开 ncbi 主页，在搜索框前的选择框中选择 pubmed ，在搜索框中输入 （zhu j ）[au] AND rice[ab] AND (“2005’’[dp]:“2018”[dp])，点击进行搜索。 请查出水稻中 SNARE 13 蛋白的核苷酸序列。 打开 ncbi 主页，在搜索框前的选择框中选择 Nucleotide ，在搜索框中输入“SNARE 13” AND rice[orginism]，点击搜索，找到目标基因序列。点击目标基因下方的 genebank 进入新页面 ，点击上方的 send to ，选中 coding sequences ，下载格式选中 FASTA Nucleotide ，再点击 create file 进行下载。 三、引物设计软件 目前，最常用的引物设计软件为 Primer Premier 5.0 和 Primer Premier 6.0 和在线 工具 Primer 3,引物评估软件为 Oligo 6。NCBI 上游一款引物设计在线工具“Primer BLAST” 引物设计流