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- 2023-11-21 发布于上海
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分化过程小分子非编码RNA的鉴定和功能研究的中期报告
背景:
非编码RNA(ncRNA)在分化和发育过程中发挥重要作用,特别是小分子非编码RNA(sncRNA),其长约20-30个核苷酸,可通过与蛋白质相互作用调节基因表达。然而,对于许多sncRNA的鉴定和功能仍知之甚少。
目的:
本研究的主要目的是通过全转录组分析、RNA靶向测序等方法,鉴定并分析在分化过程中不同时间点(D0,D2,D4,D6)神经细胞前体细胞中可能存在的sncRNA,并初步探究其生物学功能。
方法:
1. RNA提取和质量检测:从D0、D2、D4和D6时期的神经细胞前体细胞中提取总RNA,并进行RNA的质量检测。
2. 全转录组测序:对提取的RNA进行RNA-Seq测序,获得不同时间点细胞中的整体转录组信息。
3. sncRNA鉴定:利用小RNA-Seq技术对RNA-Seq数据进行筛选和过滤,鉴定出可能存在的sncRNA,并进行sncRNA的预测和注释。
4. sncRNA靶向测序:利用bPLAC-seq技术对鉴定出的sncRNA进行靶向测序,预测可能与之相互作用的蛋白质通路和功能。
5. 实验验证:利用RNA干扰或基因敲除技术对鉴定出的sncRNA进行实验验证,分析其对细胞分化和发育的影响。
结果:
1. 全转录组测序分析显示,D0、D2、D4和D6时期神经细胞前体细胞中基因表达水平存在显著差异,尤其是在D2
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