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双靶向MMP14和Zn2+多肽小分子筛选与分子模拟的中期报告 双靶向MMP14和Zn2+多肽小分子筛选与分子模拟的中期报告 摘要 本文使用计算机筛选和分子模拟方法，针对MMP14和Zn2+的结合表面设计小分子多肽药物，并使用分子动力学模拟和分子对接技术对其进行评价。通过初步筛选，获得了一系列可能具有双靶向活性的化合物，表明本研究具有一定的应用前景。 关键词：MMP14、Zn2+，小分子筛选、分子模拟、分子对接 引言 MMP14是谷氨酰氨基肽酶家族之一的一员，能够降解生物体内的各种基质分子，参与细胞外基质代谢、转化和分解等过程。而Zn2+是MMP14活性中心中重要的一部分，参与催化基质分子的降解反应。因此，设计一种同时靶向MMP14和Zn2+的小分子多肽药物具有重要的临床意义。 材料与方法 本研究使用Schr?dinger小分子栏目中的Ligprep程序和Maestro操作界面制备分子库，并通过High Throughput Docking（HTD）和Glide XP程序加载4PXN蛋白结构文件对小分子多肽进行筛选。选出较优的样品后，本研究使用OPLS3e力场对其进行分子动力学模拟，并继续采用Glide XP程序对分子生成结构进行分子对接评价。 结果与讨论 通过计算机程序筛选出的较优样品有几个性质较为相似，皆含有硫酸基团或暴露羧基。这些样品与MMP14和Zn2+分子分别存在靶向结合作