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翠花-2012生物信息学复习题(1)

2012生物信息学复习题

一、选择题

1。根据PAM打分矩阵，下列哪个氨基酸最不容易突变？

A）丙氨酸AlaB)谷氨酰胺GlnC）甲硫氨酸D）半胱氨酸Cys

Ala100，Gln93，Met94，Cys20

2。下列哪个句子最好描述了两序列全局比对globalalignments和局部比对localalignments的不

同？

A）全局比对通常用于DNA序列，而局部比对通常用于蛋白质序列；B）全局比

对允许间隙，而局部比对不允许间隙;

C)全局比对寻求全局最大化，而局部比对寻求局部最大化；D）全局比对

比对整条序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列

3。与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别在哪里？

A)它最好用于比对相关性很近的序列；B）它是基于近相关蛋白的全局多序列比对；C)它是

基于远相关蛋白的局部多序列比对；D)它结合了局部和全局比对信息

PAMmatricesarebasedonglobalalignmentsofcloselyrelatedproteins.

4.全局比对算法(如Needleman-Wunsch算法)是这样一种算法：

A)把两条比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过穷尽搜索每一个可能的比对组合来寻找最佳分

值的比对；

B)把两条比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过迭代递归的方法找到最佳的分值；C）把两条

比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过寻找最佳子序列的方法来找到最佳的比对；

D）能用于蛋白质，但不能用于DNA序列

N—Wisguaranteedtofindoptimalalignments,althoughthealgorithmdoesnotsearchall

possiblealignments。

Itisanexampleofadynamicprogrammingalgorithm：

anoptimalpath（alignment)isidentifiedby

incrementallyextendingoptimalsubpaths.

Thus,aseriesofdecisionsismadeateachstepofthe

alignmenttofindthepairofresidueswiththebestscore。

翠花-2012生物信息学复习题(1)

5。数据库搜索中或双序列比对中，敏感性定义为：

A）搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阳性（即不相干序列,但具有高相似分值）的能

力;

B）搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阳性(即没有被搜索算法报告的同源序列）的能

力；

C）搜索算法寻找真阳性（即同源序列)和避免假阴性（即不相干序列,但具有高相似分值)的能

力；

D)搜索算法寻找真阳性（即同源序列)和避免假阴性（即没有被搜索算法报告的同源序列)的能

力；

Sensitivity:abilitytofindtruepositives

6。如有一小段DNA序列，基本上它能编码多少种蛋白？A）1B）2

C）3D）6

7.有一段DNA序列，如想知道在主要的蛋白质数据库中哪一个与该DNA编码的蛋白最接近，你会选择用

哪一个程序？

A）blastnB）blastpC）blastxD）tblastxE）tblastn

8。blast检索的哪一种输出估计了假阳性的数目？

A)E值B)BitscoreC）PercentidentityD）Percentpos