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freesurfer

freesurfer是一个处理大脑3D结构像数据，进行自动皮层和皮下核团分割的工具，用起来非常方便。freesurferwiki上的教程也非常详细，但是有一点，freesurfer的命令很复杂，很难准确地记住每个参数该怎么设置。本人比较懒，不愿记，也记不住，每次都需要打开wiki进行对照。由于wiki非常详尽，每次都是在一大篇英文中搜索命令。在这里弄一个简洁版，只把分析流程所用到的命令贴在这里，以便查阅。

一、数据处理

freesurfer分析3D，最好是原始的dcm数据，不要进行数据转格式转换和坐标变化，原始数据就可以。所以把数据放在sub1,sub2,sub3…….,这样我们就可以用循环来做了。我们的计算机中心用的是PBS的系统，进行并行运算:

#！/bin/bash

#SUBJECTS_DIRiswhereyouwanttoputyourresultSUBJECTS_DIR=your_subjects_path

imge=`lsyour_subjects_path/sub1/*.IMA|head-n 1`recon-all -s sub1 -i${imge}

recon-all-all-s$sub1

这就是分析一个被试的代码，然后用前面介绍过的sed命令，把sub1替换成其他被试编号，就生成了其他被试代码。然后在端口敲入命令：sh代码文件。数据就开始分析了。

二、数据检查

数据检查主要tkregister2、tkmedit、tksurfer三个命令结合起来。但是在这种视觉检查以前，应该先看前面recon-all.log文件是否报错。可是recon-all.log文件好大了，怎么办呢，用grep命令，查找一下文件里面有没有”error”,并输出含有“error”的行数：

grep -n “error”recon-all.log

如果都没有错误，那就OK.另外还有一个命令也很有意思，会自动帮我们察看是否存在top

错误：

mris_euler_numbersub1/surf/lh.origmris_euler_numbersub1/surf/lh.whitemris_euler_numbersub1/surf/lh.pial

如果这三个命令生成的数字完全一样，就没有top结构问题，然后我们再进行视觉检查,首先检查register:

tkregister2--mgz--ssub1--fstal--surforig

然后检查tkmedit和tksurfer检查白质、灰质分割问题。

tkmeditsub1brainmask.mgzrh.white-auxwm.mgz-aux-surfacelh.whitetksurfersub1rhinflated

检查的时候，一般在c130-170这部分slices问题比较严重，总是有脑膜被看成是灰质了，需要编辑brainmask.mgz，把它删掉。具体检查参看freesurferwiki.检查完毕后，根据编辑过的地方重新跑一下数据。根据recon-all的步骤，先register,然后是-autorecon2-cp,然后是

-autorecon2-wm,-autorecon2-pial，-autorecon3。当register出现问题时，几乎需要完全重新算数据,其他的就从编辑过的最早步骤开始。例如，一个被试修改过cp、wm,那么就从cp开

始重新算。

recon-all -subjid sub1

recon-all-autorecon2-cp-autorecon3-subjidsub2recon-all-aurorecon2-wm -autorecon3-subjidsub3recon-all-autorecon2-pial-autorecon3-subjidsub4

数据重新算后，还要一个一个地进行视觉检查一下，才能进行下一步数据统计分析.三、数据统计分析

开始进行数据分析了。首先把数据对齐到freesurfer自带的fsaverage空间上。数据跑完后，会自动出现在被试目录中。先把每个被试的数据叠加成一个4D的文件，而叠加顺序事先要设计好，把其他相关的变量也放进去。这里举一个简单例子：三组被试，每组两个被试：AA型、AB型、BB型，另外还有被试年龄数据，那么这个文件内容如下：GroupDescriptorFile 1

Titleg3v1ClassAAClassABClassBBVari