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真核生物非编码RNA基因：计算机识别及进化的开题报告

摘要：

非编码RNA(ncRNA)是一类研究热点，它们经常参与调节真核生物细胞的各种生理过程。普遍认为，大多数ncRNA基因是真核生物基因组的注释盲区，使得其在基因组中的定位和注释变得困难。本文提出了一种基于计算机识别ncRNA的方法，并应用该方法对已知的ncRNA进行比对，以评估该方法的性能。

首先，我们使用生物信息学工具对已知的ncRNA进行处理和筛选，得到了一个对ncRNA具有特异性识别和比对的相关模板。随后，我们使用该模板对不同真核生物基因组中的序列进行比对和筛选。经过比较和统计，我们发现该方法相对于其他识别器具有更高的敏感性和特异性，并且可以准确地识别出已知的ncRNA基因。

通过该方法，我们识别出了一组新的ncRNA基因，进一步表明该方法在ncRNA基因识别领域具有广阔的应用前景。另外，在这个基础上进行一些演化分析，将为进一步探究ncRNA的生物学功能提供新的视角。

关键词：非编码RNA，计算机识别，进化分析，真核生物，基因注释

Abstract:

Non-codingRNAs(ncRNAs)areaclassofhotresearchtopicsthatfrequentlyparticipateintheregulationofvariousphysiologicalprocessesineukaryoticcells.ItiscommonlybelievedthatmostncRNAgenesareblindspotsintheannotationofeukaryoticgenomes,makingitdifficulttolocateandannotatetheminthegenome.Inthispaper,weproposeacomputer-basedmethodforidentifyingncRNAsandapplythismethodtoalignknownncRNAstoevaluatetheperformanceofthismethod.

First,weusebioinformaticstoolstoprocessandfilterknownncRNAsandobtainarelatedtemplatethatisspecifictotherecognitionandalignmentofncRNAs.Then,weusethistemplatetoalignandfiltersequencesindifferenteukaryoticgenomes.Throughcomparisonandstatisticalanalysis,wefindthatthismethodhashighersensitivityandspecificitythanotherrecognizersandcanaccuratelyidentifyknownncRNAgenes.

Usingthismethod,weidentifiedasetofnewncRNAgenes,furtherindicatingthatthismethodhasbroadapplicationprospectsinthefieldofncRNAgeneidentification.Inaddition,someevolutionaryanalysesbasedonthesefindingswillprovidenewinsightsintothebiologicalfunctionofncRNAs.

Keywords:non-codingRNA,computerrecognition,evolutionaryanalysis,eukaryotes,geneannotation