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识别含有Poly（A）位点模式植物序列的方法与应用研究的开题报告

一、研究背景

Poly（A）位点是eukaryoticmRNA的一个重要特征，它是由5-UTR和codingregion之间的polyadenylation位点（PAS）来定义的。PAS序列通常具有保守的特征路径，包括几个核苷酸基本相同的保守元件和多个长度不等的A-rich序列。多个研究表明，PAS区域的突变或缺失可能会影响到mRNA的稳定性或翻译效率。因此，研究PAS序列以及识别它们在植物基因组中分布的模式对于揭示植物基因功能及调控机制具有重要的意义。

二、研究内容及目标

本研究的主要内容是利用bioinformatics技术从植物基因组中识别PAS序列，并对其进行特性分析。主要目标如下：

1.建立一套有效的PAS序列识别算法，用于从多种植物基因组中分析PAS分布规律。

2.比较分析不同物种或不同转录本中PAS序列的变异和保守特征。

3.探究不同PAS序列及其分布模式对基因表达及调控的影响；

4.测定不同PAS序列及其分布模式对gourdmottlemosaicvirus(GMMV)复制和感染的影响。

三、研究方法

1.数据采集：从NCBI数据库下载多个植物基因组序列及其基因注释信息，筛选出2500多个具备5UTR、codingregion和3UTR序列完整的基因。

2.序列分析及特征提取：首先从已知的PAS序列中提取出保守元件和A-rich序列，比对分析并确定它们在植物基因组中分布的模式，利用MotifScanner和MEME软件分析统计PAS分布热度。

3.评估PAS序列对基因表达调控和病毒复制的影响：运用RNA-seq和RT-qPCR技术，检测不同PAS位点的mRNA表达量及其相应基因的功能；在体系上利用RapidamplificationofcDNAends(RACE)技术克隆出N.benthamiana基因终止核苷酸以及4种特殊PAS位点，运用荧光定量PCR测定表达量，检测PAS序列对GMMV感染的影响。

四、预期成果

1.建立一套较为准确定量的PAS序列识别算法，并在植物基因组上分析PAS分布规律。

2.系统性地挖掘不同时期、不同物种、不同环境下的PAS序列特征和变异情况，初步探索PAS序列在植物间的保守和进化规律。

3.探究PAS序列的表达调控机制及其对基因功能的影响，挖掘PAS序列在植物基因调控中的作用。

4.评估不同的PAS模式对GMMV病毒复制和感染的影响，并探索其可能的分子机制。

五、研究意义

1.对揭示不同物种、不同生理发育状态下植物基因表达和修饰机制，具有重要的意义。

2.对基于植物生理特征和分子机制的抗病育种和分子改良具有重要的意义。

3.对于深刻理解植物细胞蛋白质合成与沉积规律、适应生物环境的能力及其分子机制、进化与分化具有重要意义。