MM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量的开题报告.docxVIP

应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量的开题报告

一、研究背景及意义

小分子肽及二肽分子是生物分子中常见的一类分子，它们在生物体内扮演着重要的生理、生化功能。而分子的构象则直接影响着其生物活性。因此，为了更好地了解这些分子在不同构象下的性质及活性，需要对这些分子的能量进行计算，以便更好地预测其态势的变化。

目前，ABEEM(Atom-BondElectronegativityEqualizationMethod)σπ/MM(MolecularMechanics)方法是一种较为先进的小分子和大分子计算能量和热力学性质的方法。该方法通过将分子系统切分成不同部分，对其中的原子、键、电子进行不同程度的量子力学和经典力学处理，并通过最小化物理能量的总和来获得该分子的总能量，并能预测小分子肽及二肽分子的不同构象下的超分子稳定性、有机反应动力学性质等性质。

因此，本文旨在应用ABEEMσπ/MM方法来计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量，以期探索其分子构象稳定性规律，为预测其生物活性等性质提供参考。

二、研究内容及方法

本文将选取一组小分子肽及二肽分子为模型体系，计算其在不同构象下的总能量，并通过比较其总能量的大小，探索其构象的稳定性规律。具体地，将采用ABEEMσπ/MM方法，将分子系统切分为原子、键、电子三个不同的部分，以获得分子系统中的各个力场参数，从而计算出分子系统的总能量。

在计算过程中，将选取OPLS-AA力场以描述小分子肽的分子性质，选取AM1-BCC描述化合物的电荷分布。其中，OPLS-AA力场的参数以Jorgensen等人的文献为准，而AM1-BCC模型在分子几何优化成功后，通过G06程序计算得到，并进行能量校正。通过优化各个力场参数和分子几何优化，可以获得分子系统的总能量。

三、研究意义和创新点

本文采用ABEEMσπ/MM方法对小分子肽及二肽分子的构象进行全面计算，可以更准确地预测其不同构象下的总能量及稳定性规律，并为了解其生物活性等性质提供基础。同时，本研究还将通过比较不同肽及二肽分子的能量差异，探索其构象转化的动力学过程，为预测不同构象下的生物活性提供参考。

此外，本文在方法上采用了ABEEMσπ/MM方法对小分子肽及二肽分子的能量进行计算，该方法在处理小分子及大分子的计算上具有较高的精度和可行性，因此为该领域的研究提供了一种新的计算途径。

四、预期结果

本研究旨在计算小分子肽及二肽分子不同构象下的能量，探索其稳定性规律，预期结果包括：不同构象下小分子肽及二肽分子的总能量比较，各个力场参数及分子几何优化结果，探索不同构象下肽及二肽分子的构象转化动力学等。结果将以数据分析和图表呈现，并结合文献解读，以期深入地探究分子构象的性质及其在生物学、药学等领域中的应用。