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R语⾔之IndVal（指⽰值）篇

该⽅法在indicspecies包中,使⽤这个包可⽤:

library(indicspecies)

这⾥使⽤indicspecies包带的数据wetland:

data(wetland)

wetland数据共41⾏,33列,表⽰有41个个体,33个标志物;下⾯将wetland按⾏随机分成3组,这⾥使⽤kmeans函数,⼜因为IndVal使⽤

置换⽅法计算的显著性,故设定随机种⼦使得每次的结果可重复:

set.seed(0)

wetkm=kmeans(wetland,centers=3)

indicspecies包主要通过multipatt函数寻找显著标志物,multipatt函数声明如下:

multipatt(x,cluster,func=IndVal.,dule=FALSE,restcomb=NULL,

min.order=1,max.order=NULL,control=how(),

print.perm=FALSE)