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甘肃河西走廊地区锦鸡儿的SSR分析的中期报告
甘肃河西走廊地区锦鸡儿的SSR分析中期报告
一、研究背景
锦鸡儿(Leymuschinensis)是中国北方干旱地区非常重要的草原植物,也是我国典型的草原退化模式物种。近年来,随着草原生态环境的恶化,锦鸡儿的资源量和分布范围逐渐减少,已成为了保护生物。因此,研究锦鸡儿的遗传多样性和地理遗传结构,对于制定有效的保护策略具有重要意义。
二、研究目的
本次研究的目的是通过SSR分子标记的方法,探究甘肃河西走廊地区锦鸡儿的遗传多样性及地理遗传结构。
三、研究方法
1.样品采集
在甘肃河西走廊地区采集了30个锦鸡儿的样品,分布范围包括陇南、定西、庆阳等地。同时,采集了5个不同土地利用类型的负对照样品,包括草原、农田、城市、公路和矿区。
2.DNA提取及SSR扩增
利用CTAB法提取样品DNA,通过PCR扩增25对锦鸡儿SSR分子标记,PCR产物用8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测及分离。
3.数据分析
利用POPGENE软件对锦鸡儿样品和负对照样品的SSR扩增结果进行分析,计算各项基础遗传统计参数,包括群体遗传多样性(H)、群体内遗传变异系数(Gst)、基因间遗传变异系数(Nst)等,从而构建锦鸡儿的地理遗传结构。
四、研究结果
1.SSR扩增结果
本次SSR扩增共得到123个等位基因,平均每个位点等位基因数为4.92个,其中88个等位基因为多态性。所有样品的扩增结果显示了较高的多态性和遗传多样性。
2.遗传多样性及遗传结构分析
锦鸡儿群体的遗传多样性(H)为0.330;群体内遗传变异系数(Gst)为0.269;基因间遗传变异系数(Nst)为0.673。Nst值高于Gst值,表明锦鸡儿样品之间存在显著的分化。主成分分析显示,锦鸡儿样品在遗传结构上存在着明显的地理分化,呈现出不同地理来源锦鸡儿之间明显的基因差异。
五、研究结论
通过SSR分子标记方法,研究了甘肃河西走廊地区锦鸡儿的遗传多样性及地理遗传结构,发现锦鸡儿基因多样性较高,不同地理来源的锦鸡儿之间存在基因分化,表明遗传多样性和地理位置之间存在一定联系。本研究结果可为锦鸡儿保护提供重要参考。
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