引物设计实例分析GFP融合蛋白引物设计引物设计基本原则引物.docxVIP

引物设计实例分析(GFP融合蛋白引物设计)

引物设计基本原则

引物长度（primerlength）产物长度（productlength）

序列Tm值（meltingtemperature）G+C含量（composition）

引物二聚体及发夹结构（duplexformationandhairpin）阅读框

引物的长度

一般为15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃，即Taq酶的最适温度

产物的长度

扩增片段长度为100~600碱基对。

Tm值

引物的Tm值一般控制在55-60度，尽可能保证上下游引物的Tm值一致，一般不超过2度。如果引物中的G+C含量相对偏低，则可以使引物长度稍长，而保证一定的退火温度。Tm=2（A+T）+4（C+G）

引物的GC含量

有效引物中（G+C）的比例为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。

引物自身

引物间3‘端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败任务

用绿色荧光蛋白（GFP）标记蛋白NR1

lPIasmid 1: BQmHI

l

SP NRi

pcDNA3:.1

ioni#U55762 As,e1

谌J

Cat

Plasmlicd:2

Ecit)01