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鸡microRNA和snoRNA的鉴定及结构与功能进化的分析的中期报告
该项目旨在鉴定鸡的microRNA和snoRNA序列，并分析它们的结构和功能进化。本中期报告主要介绍了以下工作进展：
1.数据采集和预处理
我们从NCBI和Ensembl数据库中获取了鸡的基因组序列、注释信息和已知的microRNA和snoRNA序列。针对基因组序列，我们采用NCBI的RepeatMasker和Ensembl的RepeatMasker-Pipeline进行了重复序列的过滤和掩盖，以便更好地识别非编码RNA序列。
2.鸡microRNA的预测和鉴定
利用miRDeep2、miRquest和miRwalk等多种软件工具，我们预测和鉴定了鸡的microRNA。目前，我们已经筛选出了约1800个候选的microRNA序列。接下来，我们将结合实验数据对这些序列进行筛选和验证，并进一步分析它们的结构和功能。
3.鸡snoRNA的预测和鉴定
利用snoscan和snoSeeker等软件工具，我们预测和鉴定了鸡的snoRNA。当前，我们已经识别出约150个候选的snoRNA序列。后续，我们将通过实验数据的验证和分析，进一步确定这些序列的生物学功能。
4.结构和功能进化分析
基于已知物种的比较基因组学分析，我们将对鸡的微小和非编码RNA进行结构和功能分析。我们着重考虑鸡和哺乳动物之间的比较，以了解哺乳动物和鸟类之间的RNA结构和功能的差异。
总结：本项目目前正处于物种RNA序列鉴定和筛选的阶段，我们计划通过实验与分析手段来进一步确定这些候选序列的结构和功能，并进行比较分析。未来的工作将集中在RNA结构和功能的进化研究，以深入了解RNA在不同物种之间的生物学差异。
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