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第四节二叉树
遗传谱系进化关系也可以通过系统发育(phylogeny)重建从DNA序
列上获取。
一、系统发育分析
系统发育分析就是根据特征或距离数据确定其基因、物种起源和发生关系的方法。分子系统发育分析直接利用从核酸或蛋白质序列提取的信息作为物种的特征，通过比较生物大分子的序列，分析序列之间的关
系，构造系统发育树，进而阐明各个物种的进化关系。
rRNA为细胞所共有，其功能同源且最为古老，既含有保守序列又含有可变序列的分子大小适合操作，它的序列变化与进化距离相适应，保守性能够反映生物物种的亲缘关系，为系统发育重建提供线索，高变
性则能揭示出生物物种的特征核酸序列，是属种鉴定的分子基础。
第四节二叉树
遗传谱系进化关系也可以通过系统发育(phylogeny)重建从DNA序
列上获取。
A
Alphacororavirus
Betacoronavirus
第四节二叉树
二、分层二叉树
在研究生物系统发育过程中，常用一种树状分图来概括各生物之间的亲缘关系，这种表征物种或序列进化关系的树状分支图就称为系统发育树(系统树或进化树)。系统发育推断主要是以分层二叉树的形式进
行描述。分层二叉树反映的就是一系列分支过程，即一个谱系分化成两
个子代谱系。
Cordulegasterdorsalis|CordulegastridaeAnaxjuniusAeshna
Cordulegasterdorsalis|CordulegastridaeAnaxjunius
AeshnamulticolorAeshnidae
Aeshnacalifornica
Tramealacerata
Trameaonusta
Libellulasaturata
Libellulaluctuosa
PachydiplaxlongipennisLibellulidae
节点
分支
Sympetrumillotum
Perithemistenera
Erythemissimplicicollis
节点表示进化过程中一个物
种分歧为两个独立繁衍的物
种，节点之间的连线代表物
种之间的进化关系。
蜻蜓的系统发育树
第四节二叉树
bacteriabirdsmarsupialsHomoTerminals/Taxa
node节点
rootbranch分支
oAphylogenetictreeshowsthecommonancestryofagroup.
oTerminaltips(leaves)ofthetreeareconnectedbybranchesandnodes.
oPatternofbranching(topology)showsevolutionaryrelationshipsamongsamples.
第四节二叉树
第四节二叉树
·Allofthesetreesshowidenticalevolutionaryrelationships!
oPhylogeniesshowevolutionaryrelationshipsthroughbranchingpatterns(topology).
oAgroupofbranchesdescendingfromanodecanbeshowninanyorientation.
oWhichgroupismostcloselyrelatedtoB?
ExamplesofNon-MonophyleticGroups
Hemichordata
,Urochordata
Cephalochordata
oReptiliais
oReptiliaisnon-monophyleticbecause
Avesisderivedfromwithinit.
·Piscesisnon-monophyleticbecauseitisagroupingofasharedancestralstate.
无
无脊椎动物
Invertebrata
Chondrichthyes
Actinopterygi
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