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C3和C4植物中PEPC的生物信息学分析

摘要：ＰＥＰＣ是Ｃ４光合途径中的关键酶之一，为研究Ｃ３和Ｃ４植物ＰＥＰＣ功

能上的差异，利用一系列的生物信息学软件分别分析了４种Ｃ３和Ｃ４植物ＰＥＰＣ基因

编码蛋白的氨基酸组成、等电点、结构域、二级结构、空间结构等性质，并进行两类植物

蛋白质的比对。结果表明，ＰＥＰＣ基因编码蛋白为不稳定蛋白质；二级结构主要是以无

规则卷曲为主。同时揭示出Ｃ３和Ｃ４植物ＰＥＰＣ存在一定差异。用ＥＳｙＰｒｅｄ３

Ｄ的建模服务器进行ＰＥＰＣ结构的三维建模，预测得到一个同源性较高的蛋白质结构数

据１ＪＱＯｃｈａｉｎＡ，同源性为９９．７％，从而构建目标序列的三级结构。利用

ＰＲＯＣＨＥＣＫ对建模结果进行检测，模拟得到的玉米ＰＥＰＣ蛋白质的三维结构的氨

基酸残基有９４．２％位于Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ点图中合理区域，模拟得到的玉米

ＰＥＰＣ的三维结构是可靠的。

关键词：Ｃ３植物；Ｃ４植物；ＰＥＰＣ；生物信息学

Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｏｅｘｐｌｏｒｅｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｄｉｆｆ

ｅｒｅｎｃｅｓｂｅｔｗｅｅｎＣ３ａｎｄＣ４ＰＥＰＣ，ＰＥＰＣｐｒｏｔｅｉ

ｎｓｏｆｆｏｕｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔＣ３ａｎｄＣ４ｐｌａｎｔｓｗｅｒｅ

ａｎａｌｙｚｅｄｂｙｖａｒｉｏｕｓｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｔｏｏｌｓｔ

ｏｐｒｅｄｉｃｔｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ｓｕｃｈａｓａ

ｍｉｎｏａｃｉｄｓｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ，pＩ，ｄｏｍａｉｎｓ，ｓｅｃｏｎ

ｄａｒｙａｎｄｓｐａｔｉａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅ；ａｎｄｔｈｅＰＥＰＣｐｒ

ｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＣ３ａｎｄＣ４ｐｌａｎｔｓｗｅｒｅａｌ

ｉｇｎｅｄ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅＰＥＰＣｐｒｏ

ｔｅｉｎｓｗｅｒｅｕｎｓｔａｂｌｅａｎｄｔｈｅｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕ

ｃｔｕｒｅｓｗｅｒｅｍａｉｎｌｙｃｏｍｐｏｓｅｄｏｆｒａｎｄｏｍｃｏｉ

ｌ，ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇｓｏｍｅｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓｂｅｔｗｅｅｎＰＥＰ

ＣｓｏｆＣ３ａｎｄＣ４ｐｌａｎｔｓ．Ａｈｉｇｈｌｙｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ

（９９．７％）ｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄａｔａ１ＪＱＯｃｈａｉｎＡ

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ｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆＺｅａｍａｙｓＰＥＰＣｗ

ａｓｒｅｌｉａｂｌｅ．

Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｃ３ｐｌａｎｔ；Ｃ４ｐｌａｎｔ；ＰＥＰＣ；ｂｉｏｉ

ｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ

与Ｃ３