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ThistutorialusestheFAAHdata,downloadedfromtheXCMShomepage(/download/)toleadtheuserthrougheachstepofxcms.7simplecommandsforonecompleteXCMSdataanalysislibrary(xcms)xset-xcmsSet()xset-group(xset)xset2-retcor(xset,family=s,plottype=m)xset2-group(xset2,bw=10)xset3-fillPeaks(xset2)reporttab-diffreport(xset3,WT,KO,example,10,metlin=0.15)XCMSAnalyteProfilingSoftware
Tutorial
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OpenR,loadxcmsUserinputisshowninred.
GotoFiletoolbaratthetopofR,chooseChangedir…,andselectthefoldercontainingthe.cdffiles.
UploaddatafilescompletedUploaddatafilesxsetisauserdefinedobjectname.
Checkloadeddata;thisstepisoptionalanddoesnotaffectdataanalysis..
Grouppeaks(withoutvisualization).
Oraddsleep=.001tothegroupcommandforgroupingpeakswithvisualization.
Groupingshownasplots.
Theretcorcommandcaneitherbetypedoutcompletelyi.e.usingfamily=“symmetric”,plottype=“mdevden”orsimplyasfamily=“s”,plottype=“m”.Note:theobjectname‘xset2’isusedhere,sothattheoriginalxsetwillnotbeoverwritten.Retentiontimecorrection.
Regroupdataafterretentiontimecorrection.
Fillinwithoriginaldatawherepeakswerenotdetectedinitially.Note:theobjectnamexset3isusedhere,sothatxset2andxsetwillnotbeoverwritten..
Checkcurrentdatastatus;thisstepisoptionalanddoesnotaffectdataanalysis..
Createreport:“WT”and“KO”denotetheclassnamesofthedatasetsbeingcompared“example”isauserdefinedoutputfilenameforthespreadsheetreport10isauserdefinednumberofextractedionchromatograms(EIC)thatwillbeplottedmetlin=0.15specifiesthem/ztoleranceforpotentialmetabolitematchesfromtheMETLINdatabase.
BoththeEICsandspreadsheetreport(asaTSVfile)arecreatedinthesamefolderwheretherawdataarestored.
InsidetheEICfolder.EICscanalsobevisualizedinmanypictureviewingprograms.
Spreadsheet
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