LAMMPS手册中文版讲解12 - 原子能技术.docxVIP

EAM,modifiedEAM(MEAM),Stillinger-Weber,Tersoff,AIR哪一种FFT库，你都要在

EAM,modifiedEAM(MEAM),Stillinger-Weber,Tersoff,AIR

哪一种FFT库，你都要在makefile.foo中正确的设置咱们的FFTINC,FFTPATH,FF

可以用选项—D来实现。G++可以使用-D。如果你的编译器不能创建依赖关系文件的话，那么你就需要创建一

件的依赖关系列表，当源文件或头文件改变的时候可以加快编译速度。有些编译器不能创建依赖关系列表，或者你

LAMMPS手册-中文版讲解

-CAL-FENGHAI.NetworkInformationTechnologyCompany.2020YEAR

e来加入和剔除一些包，当然你也可以用makeyes-standard,makeno-standardlean-foo

e来加入和剔除一些包，当然你也可以用makeyes-standard,makeno-standard

lean-foo将会清理LAMMPS在编译时创建的目标文件。（3）为windows编译LAMMPS在

上运行的话，你可以用STIBS库，这样你就可以不用在你的系统中安装MPI库。防照makefile.s

LAMMPS手册-中文解析

一、简介

本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?

2．

LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

3．LAMMPS的功能

总体功能：

可以串行和并行计算

分布式MPI策略

模拟空间的分解并行机制

开源

高移植性C++语言编写

MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）

可以方便的为之扩展上新特征和功能

只需一个输入脚本就可运行

有定义和使用变量和方程完备语法规则

在运行过程中循环的控制都有严格的规则

2

对牛顿运动方程积分的工具，所以很多必要的数据前处理与后处理功能是LAMMPS核心不具备的。其原因为：lean-foo

对牛顿运动方程积分的工具，所以很多必要的数据前处理与后处理功能是LAMMPS核心不具备的。其原因为：

lean-foo将会清理LAMMPS在编译时创建的目标文件。（3）为windows编译LAMMPS在

拟在POEMS库中提供了刚体积分工具并行裉火并行复制动力学对低密度液体直接使用MC模拟Peridyn

FTW。没有办法的情况下可以用供应商提供的库。FFTW是一个快速的，可移植性的库，它可以在任何一个平

只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务

粒子和模拟的类型：

（atomstyle命令）

原子

粗粒化粒子

全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA

联合原子聚合物或有机分子

金属

粒子材料

粗粒化介观模型

延伸球形与椭圆形粒子

点偶极粒子

刚性粒子

所有上面的杂化类型

力场：

（命令：pairstyle,bondstyle,anglestyle,dihedralstyle,improperstyle,kspacestyle）对相互作用势：L-J,Buckingham,Morse,Yukawa,soft,class2(COMPASS),tabulated.带点对相互作用势：Coulombic,point-dipole.

多体作用势：EAM,F