《结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求》.docx

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FORMTEXT结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求

FORMTEXTGeneralrequirementsforqualitycontrolofwholegenomesequencingof

FORMTEXTMycobacteriumtuberculosis

（征求意见稿）

在提交反馈意见时，请将您知道的相关专利连同支持性文件一并附上。

FORMTEXTXXXX-FORMTEXTXX-FORMTEXTXX发布

FORMTEXTXXXX-FORMTEXTXX-FORMTEXTXX实施

FORMTEXT上海市标准化协会??发布

团体标准

STYLEREF标准文件_文件编号T/SASXXXX—XXXX

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结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求

范围

本文件规定了结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求，包括样本基因组DNA纯度和完整性、基因文库构建起始DNA量、测序读长、碱基识别质量值、平均覆盖深度和比对率的最低要求。

本文件适用于应用高通量基因组测序对结核分枝杆菌菌株样本进行全基因组测序质量控制的规范。

本文件不适用于其他类型标本及单分子测序。

规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T6682分析试验室用水规格和试验方法

GB19489实验室生物安全通用要求

GB/T35537—2017高通量基因测序结果评价要求

GB/T40226—2021环境微生物宏基因组检测高通量测序法

术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

基因组genome

一种生物体具有的所有遗传信息的总和。

[来源：GB/T30989—2014，3.2]

核苷酸nucleotide

构成核酸的基本单位，由三部分组成：五碳糖、磷酸和环状的含氮碱基。

[来源：GB/T30989—2014，3.3]

基因文库genelibrary

整套由基因组DNA片段插入克隆载体获得的分子克隆的总和。

[来源：GB/T30989—2014，3.7]

碱基对basepair

形成“DNA梯子的横档”的一对碱基。

在碱基对中，腺嘌呤总是与胸腺嘧啶配对，鸟嘌呤与胞嘧啶配对。

[来源：GB/T30989—2014，3.17]

测序读长readlengthofgenesequencing

测序能测得的最长基因片段的长度，通常以碱基数表示

[来源：GB/T30989—2014，3.24]

碱基识别质量qualityofbasecalling

评价碱基准确识别的概率。

简称为Q，通常以数值表示，碱基识别质量值与碱基识别错误率负相关，二者遵循对数函数关系。碱基识别质量值越高，错误率越低

[来源：GB/T40226—2021，3.4]

Q20

测序数据中，碱基识别质量为20的碱基识别准确率为99%，或错误率为1%。

[来源：GB/T40226—2021，3.5]

Q30

测序数据中，碱基识别质量为30的碱基识别准确率为99.9%，或错误率为0.1%。

[来源：GB/T40226—2021，3.6]

测序深度depthofsequencing

待测样本中某个指定的核苷酸被检测的次数。

[来源：GB/T30989—2014，3.31]

平均覆盖深度averagedepthofcoverage

测序深度的平均值。

[来源：GB/T30989—2014，3.32]

缩略语

下列缩略语适用于本文件。

bp：碱基对（BasePair）

DNA：脱氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAcid）

OD：光密度（OpticalDensity）

PCR：聚合酶链式反应（PolymeraseChainReaction）

原理

运用高通量测序技术进行结核分枝杆菌全基因组测序，分别对样本灭活、保存、运输、接收、处理、DNA提取、基因文库构建、高通量测序和数据质控各个环节进行规范。

实验室及生物安全要求

实验室设施和设备要求应符合GB19489的规定。

实验室用水应符合GB/T6682的规定

实验室应做到防止污染，应根据不同工作内容划分独