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上感plusTM项目简介(靶向病原高通量测序tNGS)
上感plusTM采用超多重PCR建库体系,应用二代测序技术,针对上呼吸道感染精选95种致病病原及肺炎支原体耐药位点,添加Bio-Caliper利用核心算法及模型,进行靶向高通量测序(tNGS)检测分析,实现病原广谱精准检测。
超多重PCR(2000重)建库
超多重PCR(2000重)建库
+
高通量测序
=
靶向病原精准广谱检测
tNGS
一、检测内容
(一)、病原谱(95种致病病原)
上感plus?病原微生物多重联合检测项目(95种病原体)
细菌
(22种)
金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、化脓链球菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、停乳链球菌、白喉棒状杆菌、溶血隐秘杆菌、肺炎克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、铜绿假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌、鲍曼不动杆菌、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、百日咳鲍特菌、嗜肺军团菌、脑膜炎奈瑟球菌、淋病奈瑟球菌、坏死梭杆菌
病毒
(69种)
人腺病毒、人腺病毒A组、人腺病毒B组、人腺病毒C组、人腺病毒D组、人腺病毒E组、人腺病毒1型、人腺病毒2型、人腺病毒3型、人腺病毒4型、人腺病毒5型、人腺病毒7型、人腺病毒8型、人腺病毒12型、人腺病毒18型、人腺病毒21型、人腺病毒24型、人腺病毒27型、人腺病毒28型、人腺病毒30型、人腺病毒31型、人腺病毒34型、人腺病毒38型、人腺病毒55型、人类疱疹病毒1型(HSV1)、人类疱疹病毒2型(HSV2)、人类疱疹病毒3型(VZV)、人类疱疹病毒4型(EBV)、人类疱疹病毒5型(CMV)、人博卡病毒1型、人类细小病毒B19
肠道病毒、肠道病毒A组、肠道病毒B组、肠道病毒C组、肠道病毒D组、肠道病毒A71型、肠道病毒D68型、柯萨奇病毒A5型、柯萨奇病毒A6型、柯萨奇病毒A10型、柯萨奇病毒A16型、埃可病毒18型、人冠状病毒229E、人冠状病毒HKU1、人冠状病毒NL63、人冠状病毒OC43、人偏肺病毒、人呼吸道合胞病毒A型、人呼吸道合胞病毒B型、人呼吸道病毒1型(人副流感病毒1型)、人腮腺炎病毒2型(人副流感病毒2型)、人呼吸道病毒3型(人副流感病毒3型)、人腮腺炎病毒4型(人副流感病毒4型)、甲型流感病毒、甲型流感病毒H1N1、甲型流感病毒H3N2、甲型流感病毒H5N1、甲型流感病毒H7N9、甲型流感病毒H1N12009、乙型流感病毒、丙型流感病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、鼻病毒、鼻病毒A型、鼻病毒B型、鼻病毒C型、风疹病毒
支原体/衣原体
(4种)
肺炎支原体、肺炎衣原体、沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体
(二)、肺炎支原体耐药位点
大类
检测位点
涉及药物
肺炎支原体耐药
23SrRNAA2063G、A2064G、
A2067G、C2617G
红霉素,罗红霉素,阿奇霉素,克拉霉素
注:Mp重症感染合并多种肺外并发症且药物治疗不佳的病例报道日渐增多。有研究显示,23SrRNA结构域Ⅱ区和Ⅴ区基因位点突变可导致抗生素与核糖体亲和力下降而引起耐药,基因突变导致的药物结合靶点改变是Mp对大环内酯类耐药的最重要原因,结构域Ⅴ区A2063G、A2064G突变导致高水平耐药,A2067G、C2617G突变发生低水平耐药。
二、技术特点:
提取:物理研磨+生化酶解实现高效破壁,提升病原检出率。
建库:
每种病原体针对多拷贝区域设计≥2对特异性引物序列
靶向富集,无宿主干扰、增加敏感性。
双index建库,降低交叉污染。
设置阴性对照、阳性对照、空白对照,全方位保障结果准确性性。
测序:
高通量二代测序,检测病原特异性核酸序列,利用SNP位点不同实现病原精准分型。
使用疾控中心感染监控明星设备“KMMiniSeqDx-CN(国械注准20203220340)测序仪,快速芯片”进行快速检测(1*100bp,测序时间5h)。
生信:
实验添加无偏倚均一无干扰性Bio-Caliper,标准曲线和核心算法模型,结合上万例临床真实标本进行验证,将病原体均一化序列数转变为定量浓度。
自建tNGS微生物数据库,利用核心算法保障结果稳定输出。
流感病毒相对溯源:利用不同患者同一流感病毒特异性核酸序列的差异,进行溯源。
三、产品优势:
病原检测:95种致病病原+肺炎支原体耐药位点。
精准检测:①敏感性优于mNGS、②鼻/肠等病毒分型能力强于mNGS和PCR
病原定量:独家算法估测标本中病原体浓度,查凶定因更有力,病情变化更有谱。
D+R共检:1份样本,1提取,1次建库,共同检测DNA和RNA病原,无需分开送检。
四、标本类型、运输及储存
样本类型
取样量建议
采集管
储存条件
运输条件
咽拭子
充分吸收样品
病毒保存管(需要有保存液)
注意:需严格密封防止泄露
短期储存:-20℃储存一周;
长期储存:-80℃储存半年;
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