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microRNA在灵长类中的进化及其对靶基因表达变异度的影响的开题报告

开题报告：microRNA在灵长类中的进化及其对靶基因表达变异度的影响

研究背景与意义：

microRNA是一种重要的非编码RNA，通过与mRNA结合，影响靶基因的转录后修饰、降解或抑制翻译，从而参与了许多生物学过程的调控。近年来的研究表明，microRNA在灵长类（包括人类）中具有显著的进化和功能分化。同时，microRNA与靶基因之间的相互作用也在很大程度上影响了基因表达的多态性和变异度，如何全面理解microRNA在灵长类进化中的演变规律及其调节靶基因表达变异度的作用，对于深入理解灵长类的适应性进化，探究基因与表型间的联系，具有重要的科学意义和应用价值。

研究内容：

1.使用公共数据库筛选出对比其他物种，具有变异或亚型多态性的灵长类microRNA序列，并分析其在灵长类中的进化规律和家族演化历程，以及与同源基因、染色体区域的关系。

2.选取灵长类中广泛存在并具有多态性的microRNA靶基因，并通过二代测序和群体遗传学方法，对着重关注的microRNA靶基因在不同物种和个体之间表达变异度的差异和机制进行系统鉴定和探索。

3.构建相关算法和分析工具，针对大规模基因表达数据及其分型、表型数据，定量评价microRNA对靶基因表达的影响程度，进而对其对灵长类进化、适应性多样性的影响作出解释。

研究方法与手段：

1.数据库筛选和物种比较：使用blast、MiRBase、genomebrowser等软件和公共数据库，比较各物种microRNA序列、基因组座落、功能、进化及分类情况。

2.关键基因鉴定和分析：使用GWAS、QTL-Mapping等方法，筛选和验证与特定微型RNA有关的关键基因，并组学分析和对比探究。

3.相关分析工具：利用RNA-seq、Chip-seq、序列比对和互补分析等多种方法，进行microRNA对靶基因的鉴定、定量评价和机制探究，并构建物种特异性的模型和算法。

预期目标：

通过对灵长类中microRNA序列、基因组座落、进化等多方面的综合分析，阐明其进化特征、治疗和预防疾病等方面的应用；通过对microRNA靶基因表达变异度的研究，为深入理解基因-表型联系提供基础。预计该研究成果可以在分子进化、适应性基因组学、遗传表观遗传学等领域取得突破性突破。