blast核酸氨基酸序列相似性比较.pdf

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BLAST核酸/氨基酸序列相似性比较

Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进

展相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进展相似性序列比较。BLAST

结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BL

AST算法，您可以参考NCBI的BLASTCourse，该页有BLAST算法的介绍。

BLAST的功能

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进

展比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在

序列数据库中对查询序列进展同源性比对工作。从最初的BLAST开展到现在NCBI提供

的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋

白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数

据库要么都是核酸数据库。

所查询的序列和调用的数据库那么可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库

中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。

BLAST包含的程序：

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条序列将逐一地同每条所

查序列作一对一的序列比对。

.v.

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2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列〔一条

核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白〕，再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条序列都将同所查序列

作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸

序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的

核酸序列都翻译成蛋白〔每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列〕，这样每次比对会

产生36种比对阵列。

通常根据查询序列的类型〔蛋白或核酸〕来决定选用何种BLAST。假设是作核酸－

核酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记

住此时不考虑缺口。

BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可少

的。如果要直接到网上查询也可以〔即ＮetＢlast〕，但记住如果你认为自己的序列很

有价值的话，还是慎重为宜。

如何访问在线的BLAST功能效劳

您只要通过浏览器访问Blast主页(blast.ncbi.nlm.nih.gov/)。所有的查询和分析都

通过浏览器来完成，就象您在您的本地机上一样方便和快捷。

BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

.v.

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Blast中常用的程序介绍：

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条序列将逐一地同每条所

查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列〔一条

核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白〕，再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条序列都将同所查序列

作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸

序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核