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RNA结合蛋白QKI在转录后水平调控基因表达的机制研究的开题报告

题目：RNA结合蛋白QKI在转录后水平调控基因表达的机制研究

一、研究背景和目的：

在细胞中，基因表达过程是复杂而精细的调控过程。除了转录因子和各种非编码RNA外，还有一类重要的蛋白，即RNA结合蛋白（RNA-bindingproteins，简称RBPs），它们在转录后水平发挥重要作用，包括调节mRNA稳定性、剪接、转运和翻译等。QKI蛋白是一种RBPs，最初被发现能够调节髓鞘细胞发育，进而被证实它在调节多种细胞类型中的基因表达中都有作用。QKI的主要功能是在mRNA剪接中介导外显子的选择和剪接，因此，在其缺失时会引起原发性视神经萎缩、小脑异常发育、白质异物等一系列疾病。虽然QKI的功能已经得到了逐渐的了解，但在其在转录后水平调控基因表达机制上还存在很多未知，这也是我们研究的重点。

本文旨在系统研究QKI在转录后水平调控基因表达中的作用机制，包括但不限于以下几点：

1.探究QKI启动子元件的结构和功能。

2.定位QKI的结合位点，确定QKI的靶基因。

3.分析QKI在调节mRNA的稳定性和翻译作用中所起的作用。

4.通过KO小鼠模型和体外细胞模型等多种手段验证上述结论。

二、研究内容和方法：

1.实验材料

本实验选取不同类型的细胞和组织，包括肝脏细胞、胰岛细胞、神经细胞等，并收集正常和疾病组织，提取RNA和蛋白质。

2.实验方法

（1）建立QKI启动子贡献网站，进行启动子的元件预测和功能研究。

（2）利用ChIP-seq技术定位QKI在基因组中的结合位点，并通过qPCR等方法检测该位点的招募情况。

（3）筛选QKI在不同类型细胞中的靶标，并构建靶标分析数据库。

（4）利用RNA-Seq技术分析QKI在mRNA的稳定性、转运和翻译中所起的作用。

（5）通过CRISPR-Cas9技术构建QKIKO小鼠和体外细胞模型，验证上述结论。

三、研究预期结果和意义：

预期结果：

通过上述实验手段，我们将深入挖掘QKI在转录后水平调控基因表达中的作用机制。我们将确定QKI启动子元件的结构和功能、定位QKI的结合位点及筛选靶标。我们还将研究QKI在调节mRNA的稳定性、转运和翻译中的作用，为全面了解QKI在转录水平上的机理提供大量的实验结果。

研究意义：

通过该项研究，将有助于深入理解RBPs在转录后水平可塑性中的作用，同时对QKI在多种疾病中的功能调控机制有所了解。该结果将为特定疾病的发病机制提供理论支持，为疾病的治疗和预防提供新靶点。