计算分子进化第四章.pptVIP

第四章最大似然法4.1引言4.2树的似然计算4.3复杂模型下的似然计算4.4祖先状态重建4.5最大似然估计的数值算法4.6似然法的近似4.7模型选择与稳健性4.1引言在本章中讨论一棵系统发育树上的多重序列似然计算。系统发育分析中似然率的两种用途：第一种，估计进化模型中的参数；第二种，估计树拓扑结构，通过估计枝长和其他置换参数来实现每棵树的对数似然率最大化，并将优化的对数似然率用做比较不同树的树分值。4.2树的似然计算4.2.1数据、模型、树及似然函数已知s个已对位排列的同源序列，每个序列为n个核苷酸长，用s×n阶矩阵X={}表示，其中表示第j个序列中的第h个核苷酸.令表示数据矩阵中的第h列，这里我们采用K80核苷酸置换模型。下面我们用一个例子来解释似然率计算。如图观测数据为TCACC,祖先节点用数字0,6,7,8标出，0为树根。连到节点i的分支长度用表示，定义为平均每个位点核苷酸置换的期望数目。模型中的参数包括枝长和转换/颠换比率，用集合表示由于假定位点间独立进化，整个数据集的概率是数据在单个位点的概率之积，对数似然率则等价于对序列中的所有位点求和ML方法通过对数似然率最大化来估计,通常采用数