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High-throughputsequencingerrorsarereduced
byordersofmagnitudeusingcirclesequencing
a,1b,1acc,2b,d,2
DianneI.Lou,JeffreyA.Hussmann,RossM.McBee,AshleyAcevedo,RaulAndino,WilliamH.Press,
andSaraL.Sawyera,2
aDepartmentofMolecularBiosciences,bInstituteforComputationalEngineeringandSciences,anddDepartmentofIntegrativeBiology,UniversityofTexasat
Austin,Austin,TX78712;andcDepartmentofMicrobiologyandImmunology,UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA94122
ContributedbyWilliamH.Press,October17,2013(sentforreviewAugust31,2013)
Amajorlimitationofhigh-throughputsequencingisthehighlowfrequencies,potentiallyevenlowerthanthesequencingerror
rateoferroneousbasecallsproduced.Forinstance,Illuminarateitself.Here,theproblemcannotbeovercomewithhigh
sequencingmachinesproduceerrorsatarateof∼0.1–1×10−2sequencecoveragebecauseaconsensussequenceofthehet
perbasesequenced.Thesetypicallyproducebillionserogeneoussamplewillmaskallvariants.
ofbasecallsperexperiment,translatingtomillionsoferrors.WeToaddressthiserrorrateproblem,severalcloselyrelatedli
havedevelopedauniquelibrarypreparationstrategy,“circlese-brarypreparationprotocolshaverecentlybeendescribed(610).
quencing,”whichallowsforrobustdownstreamcomputationalAgeneralschematicforthese“barcoding”strategiesisshownin
correctionoftheseerrors.Inthisstrategy,temtesareFig.1A.Eachindividualmo
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