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蛋白质二级结构预测软件蛋白质二级结构预测软件第1页

预测蛋白质二级结构算法大多以已知三维结构和二级结构蛋白质为依据，用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。蛋白质二级结构预测软件第2页

当前较为常见几个方法有：PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA，其中最常见是PHD。PHD结合了许多神经网络结果，每个结果都是依据局部序列上下文关系和整体蛋白质性质（蛋白质长度、氨基酸频率等）来预测残基二级结构。那么，最终预测是这些神经网络每个输出算术平均值。这种结合方案被称为陪审团决定法（jurydecision）或者称为全部胜利者（winner-take-all）法。PHD被认为是二级结构预测标准。总来说，二级结构预测仍是未能完全处理问题，普通对于α螺旋预测精度很好，对β折叠差些，而对除α螺旋和β折叠等之外无规则二级结构则效果很差。蛋白质二级结构预测软件第3页

PHD使用请见人工神经网络方法中“基于人工神经网络模型预测软件PHDsec使用介绍”.nnPredict：/~nomi/nnpredict.htmlnnpredict算法使用了一个双层、前馈神经网络去给每个氨基酸分配预测类型。在预测时，服务器使用FASTA格式文件，其中有单字符或三字符序列以及蛋白质折叠类（α、β或α/β）。残基被分为几类，如α螺旋（H）、β链（E）或其它（－）。若对给定残基未给出预测，则会标上问号（？），这说明无法作出可信分配。若没相关于折叠类信息，预测也能在不定折叠类情况下进行，而且这是缺省工作方式。据报道，对于最正确实例预测，nnpredict准确率超出了65%。PredictProtein：/predictprotein/我国镜像：/predictprotein/蛋白质二级结构预测软件第4页

PredictProtein在预测中应用了略为不一样方法。首先，蛋白质序列被作为查询序列在SWISS-PROT库中搜索相同序列。当相同序列被找到后，一个名为MaxHom算法被用来进行一次基于特征简图多序列比对。MaxHom用迭代方法来结构比对：当第一次搜索SWISS-PROT后，全部找到序列与查询序列进行比对，并结构出一个比对后特征简图。然后，这个简图又被用来在SWISS-PROT中搜索新相同序列。由MaxHom产生多序列比对随即被置入一个神经网络，用PHD方法进行预测。SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/蛋白质二级结构预测软件第5页

位于法国里昂CNRS（CentreNationaldelaRechercheScientifique）使用独特方法进行蛋白质二级结构预测。它不是用一个，而是5种相互独立方法进行预测，并将结果聚集整理成一个“一致预测结果”。这5种方法包含：Garnier-Gibrat-Robson（GOR）方法、Levin同源预测方法、双重预测方法、PHD方法和CNRS自己SOPMA方法。简单说，SOPMA这种自优化预测方法建立了已知二级结构序列次级数据库，库中每个蛋白质都经过基于相同性二级结构预测。然后用次级库中得到信息去对查询序列进行二级结构预测。蛋白质二级结构预测软件第6页

其它特殊局部结构预测软件其它特殊局部结构包含膜蛋白跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋(CoiledCoils)等，含有显著序列特征和结构特征，也能够用计算方法加以预测。蛋白质二级结构预测软件第7页

卷曲螺旋COILS：/software/COILS_form.html卷曲螺旋预测方法，将序列与已知平行双链卷曲螺旋数据库进行比较，得到相同性得分，并据此算出序列形成卷曲螺旋概率。COILS算法将查询序列在一个由已知包含卷曲螺旋蛋白结构数据库中进行搜索。程序也将查询序列与包含球状蛋白序列PDB次级库进行比较，并依据两个库搜索得分不一样决定输入序列形成卷曲螺旋概率。COILS能够下载到VAX/VMS系统上使用，也可经过简单Web界面使用。蛋白质二级结构预测软件第8页

程序要求序列数据为GCG或FASTA格式，一次能够提交一条或多条序列。除了序列，用户还能在两种打分矩阵中选择一个：MTK是依据肌球蛋白、原肌球蛋白和角蛋白序列得到打分矩阵；或MTIDK，是依据肌球蛋白、原肌球蛋白、中间纤维类蛋白Ⅰ-Ⅴ、桥粒蛋白和角蛋白得到打分矩阵。程序作者引述了两种矩阵适用特点：MTK更适合检测双链结构，而MTIDK适合其它情形。用户还能开启一个选项给予每个卷曲a和d位置上残基（通常为亲水性）相同权重。假如COILS在无权重和有权重情况下得到结果相差很大，则可能表明存在正错误。程序作者警告说COILS是用来检测与溶液接触左手性卷曲螺旋，对于包埋或右手性卷曲螺旋则可能检测不到。若一个序列被提交到服务器，程序会整理出一张预测结果图，显示沿着序列各个个别形成卷曲螺旋倾