蛋白质结构与功能预测专家讲座.pptxVIP

蛋白质结构与功效预测;DNAsequence;蛋白质序列分析;;ExPASy（ExpertProteinAnalysisSystem）Tools（/tools/）;蛋白质理化性质是蛋白质研究基础

蛋白质基本性质：

相对分子质量氨基酸组成

等电点（PI）消光系数

半衰期不稳定系数

总平均亲水性……

试验方法：

相对分子质量测定、等电点试验、沉降试验

缺点：费时、耗资

基于试验经验值计算机分析方法;基于一级序列组分分析

氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考

Expasy开发针对蛋白质基本理化性质分析：

Protparam工具/tools/protparam.html;工具;AACompIdent;蛋白质理化性质分析;主要选项/参数;输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号—分不一样功效域肽段

;点击不一样功效域或是以直接粘贴氨基酸序列方式得到以下结果;14;;(a)-TypeImembraneprotein

(b)-TypeIImembraneprotein

(c)-Multipasstransmembraneproteins

(d)-Lipidchain-anchoredmembraneproteins

(e)-GPI-anchoredmembraneproteins;蛋白质亲疏水性分析

;α螺旋跨膜区主要是由20-30个疏水性氨基酸（Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成

亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功效有主要作用

基于亲/疏水量和蛋白质膜区每个氨基酸统计学分布偏好性量

TMpred-/software/TMPRED_form.html

SOSUI-http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/;惯用蛋白质跨膜区域分析工具;TMHMM;ProtScale工具

/tools/protscale.html

氨基酸标度

表示氨基酸在某种试验状态下相对其它氨基酸在一些性质差异，如疏水性、亲水性等

搜集56多个文件中提供氨基酸标度

默认值以Hphob.KyteDoolittle做疏水性分析

特异性氨基酸标度，如HoppWoods（1981）针反抗原片段定位；Accessibleresidues（1979）针对氨基酸溶剂可及性定位；ChouFasman（1978）针对氨基酸二级结构疏水性分析;主要选项/参数

序列在线提交形式：

假如分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列

直接填写Swiss-Prot/TrEMBLAC号(accessionnumber)

假如分析新序列：

直接在搜索框中粘贴氨基酸序列;;输出结果

输入Swiss-Prot/TrEMBLAC号—分不一样功效域肽段;;;跨膜区分析;主要参数/选项;输出结果;跨膜拓扑模型及图示;SOSUI工具：

-http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/

以图形方式返回结果，需要JavaApplet程序

;;;;跨膜蛋白序列“边界”标准

-LandoltMarticorenaetal.,1993

;;两股或两股以上α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构

存在于各种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等主要生物功效，

;COILS-/software/COILS_form.html

PEPCOIL-http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.html

;工具;;COILS-/software/COILS_form.html

COILS蛋白质卷曲螺旋预测方法基于Lupas算法，是当前主流卷曲区域预测算法

普通滑动窗口大小采取7倍数;;蛋白质二级结构预测;工具;工具;;蛋白质二维结构预测;PredictProtein提交界面详解;1D序列预测;跨膜螺旋预测（PHDhtm）教授选项;比对内容;选择保留分析结果;服务器运行程序信息;PredictProtein分析结果;结构域分析;基本类型：;57;工具;;蛋白质三维结构预测;同源建模法分析步骤：

多序列比对

与已经有晶体结构蛋白质序列比对

确定是否有能够使用模板

序列相同度30%

序列相同度30%，结合功效，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息

构建三维模型

三维模型准确性检验

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