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汇报人:

2024-01-09

基于复杂网络的胃癌关键基因筛选与分析

目

录

CONTENCT

引言

复杂网络理论基础

胃癌基因表达数据获取与处理

基于复杂网络的胃癌关键基因筛选

胃癌关键基因功能注释与富集分析

基于机器学习的胃癌关键基因预测模型构建

总结与展望

引言

胃癌高发与危害

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胃癌是全球范围内的高发恶性肿瘤，严重威胁人类生命健康，因此研究胃癌的发病机制和治疗方法具有重要意义。

复杂网络理论在生物信息学中的应用

02

复杂网络理论作为研究复杂系统的重要工具，在生物信息学领域具有广泛的应用前景，可用于揭示基因、蛋白质等生物分子之间的相互作用和调控关系。

关键基因筛选在胃癌研究中的重要性

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筛选胃癌关键基因有助于深入了解胃癌的发病机制和发展过程，为胃癌的早期诊断、个性化治疗和预后评估提供理论支持。

胃癌基因研究现状

复杂网络在胃癌研究中的应用

发展趋势

国内外学者在胃癌基因研究方面取得了显著进展，已发现多个与胃癌相关的基因和基因突变，为胃癌的早期诊断和治疗提供了重要依据。

近年来，复杂网络理论在胃癌研究中的应用逐渐增多，通过建立基因互作网络、蛋白质互作网络等揭示胃癌发生发展的分子机制。

随着高通量测序技术和生物信息学方法的不断发展，未来胃癌关键基因筛选和分析将更加精准、高效，有望为胃癌的精准医疗提供有力支持。

本研究旨在利用复杂网络理论和方法，筛选和分析胃癌关键基因，揭示其在胃癌发生发展中的作用和调控机制。

通过本研究，期望能够发现新的胃癌关键基因和分子标志物，为胃癌的早期诊断、个性化治疗和预后评估提供新的思路和方法。

本研究不仅有助于深入了解胃癌的发病机制和发展过程，还将为胃癌的精准医疗和转化医学研究提供重要的理论和实践支持。

研究内容

研究目的

研究意义

复杂网络理论基础

复杂网络定义

复杂网络特性

复杂网络是由大量节点和边构成的图结构，其中节点代表系统中的实体，边代表实体间的关系。在生物信息学中，复杂网络常用于描述基因、蛋白质等生物分子间的相互作用。

复杂网络具有小世界性、无标度性、社区结构等特性。小世界性指网络中任意两个节点间都存在较短的路径；无标度性指网络中节点的度分布遵循幂律分布，即少数节点拥有大量连接，而大部分节点连接较少；社区结构指网络中节点可划分为不同的群组，群组内部连接紧密，组间连接稀疏。

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规则网络模型

随机网络模型

小世界网络模型

无标度网络模型

小世界网络模型介于规则网络和随机网络之间，具有较高的聚类系数和较短的平均路径长度。常见的小世界网络模型有Watts-Strogatz模型和Newman-Watts模型等。

随机网络模型中，节点间的连接是随机生成的，每个节点具有相同的连接概率。随机网络具有较短的平均路径长度和较低的聚类系数。

规则网络模型中，每个节点具有相同的度，节点间的连接遵循一定的规则。常见的规则网络有环形网络、星形网络等。

无标度网络模型中，节点的度分布遵循幂律分布，即少数节点拥有大量连接。常见的无标度网络模型有Barabasi-Albert模型和Price模型等。

基因调控网络

蛋白质相互作用网络

疾病传播网络

药物作用网络

基因调控网络描述基因间的相互作用关系，包括转录因子与靶基因间的调控关系。通过构建基因调控网络，可以研究基因表达的调控机制和疾病的发生发展机制。

蛋白质相互作用网络描述蛋白质间的相互作用关系，包括物理相互作用和功能相互作用。通过构建蛋白质相互作用网络，可以研究蛋白质的功能和疾病相关蛋白质的作用机制。

疾病传播网络描述疾病在人群中的传播过程，包括人与人之间的传播和人与环境之间的传播。通过构建疾病传播网络，可以研究疾病的传播规律和防控策略。

药物作用网络描述药物与靶标间的相互作用关系，包括药物与蛋白质、基因等生物分子间的相互作用。通过构建药物作用网络，可以研究药物的疗效和副作用以及新药的开发策略。

胃癌基因表达数据获取与处理

数据来源

数据格式转换

样本信息整理

将下载的原始数据转换为适用于后续分析的格式，如表达矩阵。

整理样本的临床信息，如病理分期、生存时间等，以便进行后续分析。

从公共数据库（如TCGA、GEO等）下载胃癌基因表达数据。

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采用适当的统计方法（如t检验、Wilcoxon秩和检验等）比较胃癌组织与正常组织间的基因表达差异。

差异表达分析方法

设定合理的筛选标准（如P值、差异倍数等），筛选出具有统计学意义的差异表达基因。

差异表达基因筛选标准

通过文献检索、实验验证等方法对筛选出的差异表达基因进行验证，以确保结果的可靠性。

差异表达基因验证

基于复杂网络的胃癌关键基因筛选

收集胃癌基因表达数据，包括正常组织和肿瘤组织的基因表达谱。

数据来源

利用基因表达数据，计算基因间的相关性，构建基因共表达网络。

构建方法

基