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小分子细胞膜分子动力学模拟

在小分子穿透细胞膜的动态模拟中，需要将小分子插入到细胞膜的水层中，从而研究小分子是如何进入细胞膜的。所以这一期将向大家介绍如何将小分子插入细胞膜。

以维生素C分子为例：

1生成拓扑文件

在CHARMMGUILigandReaderModeler模块中生成维生素C的拓扑文件，下载解压并拷贝其中的ligandrm.pdb到指定文件下；

2构建纯膜体系

参考建立纯膜的教程：

构建纯膜体系后，下载解压并拷贝step5.gro到指定文件下，指定文件夹下包含ligandrm.pdb；

gmxinsert-molecules

一、随机插入直接用gmxinsert-molecules

1）运行命令

gmxinsert-molecules-fstep5_input.gro-ciligandrm.pdb-oplex1.gro-replace-nmol1，选择TIP3（水分子替换）

运行两次上述命令，得到plex1.gro和plex2.gro，如下图所示红色是小分子在plex1.gro中的位置，蓝色是小分子在plex2.gro中的位置。两次运行上述命令，小分子插入的位置是随机的，不确定的，可能达不到我们的要求。

二、指定位置插入mxinsert-molecules

a.step5.gro末尾一行：8.130198.130198.50000，膜体系是一个长方体盒子；

b.创建position.dat（格式是unix格式），里面写入4.0004.0008.000

c.运行命令：gmxinsert-molecules-fstep5_input.gro-ciligandrm.pdb-ipposition.dat-nmol1-dr111-try10000-replace

d.运行命令后打开out.gro，可看到配体的位置坐标在(5.000，4.000，7.000)附近。和position.dat坐标不一样是因为-dr111，允许从postion.dat中位置以111进行位移，所以配体分布在(5.000，4.000，7.000)是合理的。