绿孔雀人工繁育中亲本配对选择技术规程编制说明.pdf

绿孔雀人工繁育中亲本配对选择技术规程

编制说明

一、工作简况

（一）任务来源

《绿孔雀人工繁育中亲本配对选择技术规程》来源于科技部重点研发项

目“高黎贡地区野生动物全景动态监测体系建设与安全评估示范”。

（二）协作单位

协作单位：中国科学院昆明动物研究所、泰山学院、云南森林自然中心。

（三）主要工作过程

本标准的工作主要分三个阶段进行：

第一阶段：成立项目组

中国科学院昆明动物研究所根据相关内容和要求，组成规程起草小组，

并明确任务分工和时间安排。

第二阶段：收集资料与调研

根据本阶段的工作任务和要求，规程起草小组着手开展绿孔雀人工繁育

中避免近亲繁殖的调查研究工作。在试验与讨论的基础上，形成标准的框架

和征求意见稿。

第三阶段：征求意见与修改完善

为保证技术规程的科学性和代表性，起草小组采用电子邮件寄送的方式，

分别送到绿孔雀研究相关单位进行广泛征求意见。此后，起草小组对征求到

的意见进行认真梳理和讨论，修改形成送审稿。并按相关程序报批。

（四）标准主要起草人及其工作

性

姓名职称工作单位任务及分工

别

中国科学院昆明动物研项目负责人，标准草案

董锋男副研究员

究所起草、审阅与修改

助理实验中国科学院昆明动物研

何芸睿女参与起草分子鉴定部分

师究所

单鹏飞男讲师泰山学院参与起草物理标识部分

陆琳女工程师云南森林自然中心参与起草物理标识部分

二、团标主要技术内容及确定依据的论据

《绿孔雀人工繁育中亲本配对选择技术规程》首先通过使用物理标识进

行亲缘关系判定，无法通过物理标识判定的个体，利用统计待检样品基因组

间的相似性判断其亲缘关系情况。

（一）物理标识

物理标识主要应用于人工繁育的亲本、所产之卵、孵化幼体和成体后代。

规程中制定了卵壳和成幼体的标记方法：卵壳使用记号笔标记，成幼体

使用材料耐用、不易脱落且易于辨认的脚环进行标记。对于已标记个体，进

行统一编码建立详细的物种谱系和繁育档案。

（二）分子鉴定

分子鉴定主要应用于无法通过物理标识判定亲缘关系的绿孔雀个体。

本规程中采用的高通量测序技术（包括全基因组测序等），可使用大量

（如数百万个）分子标记，可在亲缘关系推断中具有更高的准确性。

规程中制定了样品采集与保藏、DNA制备、基因组重测序、参考基因组

选择、变异数据提取、亲缘关系鉴定和亲本配对选择等方面的流程要点。样

品采集中强调通过翅缘静脉采血的非损伤采样方式采集血液样品或收集羽

毛样品，并尽快转入低温保存以防止所含DNA的持续降解。DNA提取操作

中强调所提取DNA在完整性和质量方面要满足基因组测序中的建库需求。

为保证后续分析质量，基因组重测序部分提出了最低测序数据量的要求，使

用已发布最新版本的纯种绿孔雀基因组作为参考基因组序列，提取出变异数

据后采用VCFTOOLS中的KING算法（‘-relatedness2’）计算待检个体基因

组间的亲缘系数（φ），当φ0.0442，判定待检个体间为三代以内的近缘关

系，后筛选具有三代以外谱系关系的个体开展配对繁殖。

三、国内外标准情况简要说明

野生动物人工繁育中加载物理标识可有效识别个体间的家系关系。然而，

对于标签丢失或外部补充的个体，人工配对时个体间的亲缘关系需要生物信

息学鉴定。亲缘关系的鉴定通常使用微卫星等常规分子