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计算机化学许旋09级硕士研究生主要内容一、二维化学分子结构、化学反应方程式和反应装置的制作二、三维分子结构的制作、几何参数和物理化学参数的获取三、量子化学计算四、原子轨道图、分子轨道图、静电势图、电荷密度图等图形的制作四、分子性质和光谱性质的模拟介绍软件Chemoffice程序ChemDrawChem3DHyperChem量子化学的程序包Gaussview程序Gaussian程序Origin程序SPSS程序参考书（1）量子化学计算方法与应用，林梦海，科学出版社（2）计算化学实验，胡红智，马思渝，北京师范大学出版社Chemoffice---化学结构和实验装置设计程序包ChemDraw软件的使用Chem3D软件的使用ChemFinderChemDraw软件的使用主要功能:二维化学结构绘图和简单仪器制作:(1)二维分子结构(2)化学反应式(3)反应装置ChemDraw软件的使用启动开始→所有程序→Chemoffice→ChemdrawUltra窗口简介:命令菜单栏、作图区命令菜单栏工具栏二维分子结构的制作1.乙烷分子结构重叠式交叉式部分交叉式二维分子结构的制作2.非共轭的环状分子二维分子结构的制作单环化合物苯、吡喃、吡啶并(稠)环化合物联环化合物显示分子性质View→ShowChemicalPropertiesWindow如文件保存和打开文件保存文件，文件类型打开文件复制粘贴化学反应方程式分子式、符号、文字标注对象的旋转：“选择对象”→“Objet”→“Rotate”化学反应装置1.Tools”工具栏选择结构与仪器模板按钮，按住鼠标左键，选取“Clipware,part1”或“Clipware,part2”中所需要的仪器；2．将所要的仪器进行组装3．存盘原子轨道图可直接选取工具栏“Tool”中的图形选用图形进行组装练习Chem3D软件主要功能：构建三维化学结构分子物理化学参数量子化学计算构建化学结构简单分子可直接输入分子式选工具栏中的“A”，在编辑区中单击左键，输入分子式，按回车键结束。复杂分子可用ChemDraw构建分子结构，再由Chem3D读取输入分子式构建分子结构CH4C2H6CH3COOHC2H4CH2ClCOOHC6H6C5H5N2-CH3C6H4COOH无机物的结构H2OH2SO4Fe(CO)5读取chemDraw结构在chemDraw中画有甲苯结构，存成C6H6CH3.MOL文件，则Chem3D可打开。设置结构的显示方式选取View/Setting/ModelDispaly菜单或F6键，共有五种不同的显示方式(ModelType)：(1)WireFrame，用线表示化学键;(2)Sticks，用棍表示化学键;(3)Ballandstick;(4)CylindricalBonds;(5)SpaceFilling设置结构的显示方式设置其他参数AtomFill:选ShadowedcolorColor其他可用默认值量取键长、键角、二面角选择对象：Edit→Slect→selectatom量取键长、键角、二面角键长和键级：用鼠标指向相应的键键角：选择三个原子，单击第一个原子，按住Alt键，再单击其他原子。二面角：选择四个原子。改变键长、键角、二面角选择对象object→setbondlengthobject→setbondangleobject→setDehedralangle在右边窗口出现其数值，进行修改即可分子力学和量子化学计算分子力学计算1.几何优化MM2力场:MM2→MinimizeEnergy→Run或Mechanics→MinimizeEnergy→ForceField→MM2→MinimizeEnergy→RunMM3力场：Mechanics→MinimizeEnergy→ForceField→MM3→MinimizeEnergy→Run显示几何参数：Analyze/showmeasurements2.分子动力学模拟MM2→Moleculardynamics→Run3.性质计算(键级、空间能)MM2→ComputepropertiesPi键级：Pi