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基因检测中阳性或阴性结果意味着什么？

根据欧盟的相关指南要求，遗传病的报告需要有明确的阴性和阳性的结论。

阳性报告会在结论处以醒目的方式提示这是阳性结果，并且会列上致病突变。阳性报告意味着致病突变可以同时满足生物、遗传和临床三要素的支持，而且这个结果可以用于遗传咨询的指导。

阴性报告的形式，一般会在结论中直接说是“阴性”。但是后面会附上一些致病证据不够充分，但不排除致病可能的变异及解释，供医生参考，或许这里面潜藏着致病突变。

医生建议做遗传病基因检测，一般都期待阳性结果，不太愿意看到阴性结果。但其实阴性结果是必然存在的一种可能性。

阴性报告的几种可能的原因。

真正阴性：

1)患者并非遗传病。

这是一种客观存在的可能性，但一般不能确定，只能说不排除这种可能，因为仅凭基因的阴性结果并不足以排除遗传病。

对于大多数疾病，遗传只是部分致病原因，期待100%的基因检测阳性率是不现实的，也是不正确的。

2)患者是遗传病，但并非人类已定位基因的遗传病。

这属于人类认识的局限性。目前人类已经发现超过7千种孟德尔遗传病，但已定位基因的只有四千多种，还有很多疾病并未明确致病基因。这种情况往往意味着科研发现，有可能会发现新的致病基因。在科研思路上，一般可以借助家系共分离原则在未报道疾病中筛选可疑的基因。不过仅凭一个家系就找到新致病基因还是比较难，更有效的办法是积累样本，形成某种疾病的数据库，在众多患者数据中寻找基因突变的共性。

假阴性：

3)检测范围局限性：

A.检测范围不全：比如小包（Panel）漏检概率就很高，中包（涵盖已知四千种病的临床外显子组）也可能打包不全——因为每年都会新发现约二百种疾病。全外显子相对全面一些。

B.漏检了某种变异形式：漏检了CNV、中型缺失重复以及动态突变等，是二代测序的捕获测序所不能检测到的。对于表型复杂或基因异质性突出的疾病，对点突变和CNV的检测应同等重视。对于中型缺失比较常见的某些疾病（如DMD、SMA、α地中海贫血、肾上腺皮质增生症等），应加测相关MLPA检测。对于脊髓小脑共济失调、肯尼迪病、亨廷顿病等涉及动态突变的，应加测动态突变项目。

C.漏检了某种致病机制：比如漏检了mtDNA等。对于不能排除线粒体病可能的，建议加测mtDNA高敏感测序分析。

D.突变在非编码区（外显子测序技术局限性）：一般的捕获测序只覆盖编码区序列，非编码区的致病突变无法检测到。全基因组测序可以检测到非编码区，但价格昂贵，而且解读更加困难。

对于这种情况可以调整检测策略，增加特定的检测项目，以弥补检测范围的缺漏。

4)二代测序技术局限性：

E.编码区没覆盖全（捕获测序技术局限性）：即便对于目标序列的编码区，外显子捕获测序无法做到100%覆盖，如果有临床怀疑的基因导致了患者的表型，可以联系实验室做进一步检测分析。

F.编码区覆盖全了，但没检测到：即便覆盖全了，但测序深度极低，比如变异位置总深度不到3X，有可能变异的DNA片段没能捕获下来，或者捕获下来但因为量太少没能进入测序文库。

G.检测到了，但数据质量不佳被过滤掉：如果总深度或突变深度只有1X，很有可能在数据分析阶段被过滤掉。

对这种情况，可以尝试其他检测技术平台，比如DNA编码区无法覆盖的，可以考虑mRNA检测；特定区域用二代测序覆盖不好的，临床上又强烈怀疑这种疾病的，可以考虑用一代测序补测。

5)检测出来了，但没分析出来：

H.临床特征收集与标准化不到位：临床特征分析是三要素之一，不可或缺，其前提是临床特征收集与标准化必须详实准确。否则仅凭生物、遗传两个要素分析，真正的致病突变很有可能综合评级不够优先，而被湮没在海量变异中。

I.患者单人项目局限性：仅对患者单人进行检测，无法充分分析每一个变异是否符合遗传学共分离原则，从而鉴定其是否致病，故有可能在分析过程中对潜在的致病突变有所遗漏。

J.其他数据分析因素

需要反复强调，临床特征的收集和标准化非常重要，家系(Trios)检测策略非常重要。

由于存在诸多假阴性的可能性，因此基因检测的阴性结果一般不能用于排除遗传病，除非对于某种遗传病有着确定的分子流行病学的结论——某些热点突变占据几乎全部患者的情况，但即便是这种情况一般也不能百分百排除。

总之，对于阴性结果，首先要审视是否存在排除遗传病的可能，如果不能排除遗传病（比如患者有明确的家族病史），则可以审视检测策略是否有进一步弥补检测范围缺漏的空间，是否运用了家系Trios策略，并且审视数据质量是否合格。如果检测范围已经考虑得很周全了，也用了家系策略，数据质量没问题，但结果还是阴性的话，那么就可以告诉患者，这已经是极致的检测策略了，阴性结果说明这种疾病超出了目前基因检测水平的极限。