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scRNA-seq联合scATAC-seq解析人大脑皮层发育的基因调
控
研究背景
在真核生物发育过程中，转录因子和DNA的相互结合所驱动的基
因表达顺式作用元件(cis-regulatoryelement,CRE)活力的动态变化在
细胞表型转化中起中心作用。在单细胞的尺度上衡量染色质开放性(例
如scATAC-seq)有助于精确理解CRE的活性变化，尤其与单细胞转录
组测序技术(scRNA-seq)相结合，可以帮助解析不同转录因子如何协
同的调节基因表达网络，从而调节细胞和组织的发育过程。例如，人
大脑皮层发生是一个动态的、高度调节的过程。位于室管膜区
(ventricularzone,VZ)和室管膜下区(subventricularzone,SVZ)的放
射状胶质(radialglia,RG)和中间前体细胞(intermediateprogenitor
cell,IPC)采用一种所谓的由内向外(inside-out)的方式分化成兴奋性神
经元，以及星型胶质细胞和少突胶质细胞。而GABA能抑制性神经元、
小胶质细胞以及一些少突胶质细胞产生于背侧前脑，然后迁移并整合
进大脑皮层。在单细胞尺度上精确理解大脑皮层发生中的基因表达调
控必然需要同时在单细胞上研究染色质开放性和基因表达水平。
方法流程
为了实现这项研究，单细胞测序领军人物，ATAC技术开发者
WilliamGreenleaf教授领导的研究团队对孕期16周、20周、21周
和24周的胎儿大脑皮层组织进行单细胞研究，然后利用单细胞测序分
析平台做独立的scRNA-seq和scATAC-seq，分别获得57868个单细
胞转录组和31304个单细胞表观基因组。通过非监督学习对单细胞转
录组进行聚类分析；采用一个迭代算法对scATAC-seq结果进行分析，
[1]
得到可能作为CRE的657930个峰。作者采用典型相关分析(canonical
correlationanalysis,CCA)算法对两组测序结果进行相互映射，得到
[2]
64878个CRE-gene对，每一对CRE-gene可以代表每一个
enhancer-gene的相互作用，最终得到185个可以根据染色质开放程
度预测表达水平的基因(geneswithputativechromatin,GPCs)。在
对这些结果进行验证之后，作者接下来分别分析了兴奋性神经元和胶
质细胞的转录因子和转录因子motif的活性的动态调控。
研究结果
1.人大脑皮层发育的单细胞调节图谱
作者对孕期16周、20周、21周和24周的胎儿大脑皮层细胞进
行独立的scRNA-seq和scATAC-seq，分别获得57868个单细胞转录
组和31304个单细胞表观基因组。首先对scRNA-seq结果进行
UMAP聚类分析，同时对scATAC-seq的数据进行迭代分析，得到一
个低维的包含657930个CRE峰的聚类。总体上来看，scRNA-seq和
scATAC-seq的聚类是比较相似的，且主要和细胞类型以及孕周有关。
作者发现，皮层发生中几个重要的转录因子，SOX9，EOMES，
NEUROD2
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