单基因遗传病临床全外显子组测序性能验证及室内质控规程.docx

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单基因遗传病临床全外显子组测序性能验证及室内质控规程

1范围

本文件规范了临床全外显子组测序性能验证及室内质量控制（室内质控）的过程，涵盖检测性能和室内质控的要求、性能确认的过程、方法和评估要求等。

本文件旨在为检测服务提供商及提供相关检测的各类检测机构，在开展全外显子组测序对人类基因组进行单基因遗传病变异检测时的质量控制程序提供规范性建议，包含但不局限于运行前性能确认及运行中室内质控的流程及要求，覆盖范围包括但不限于实验操作、数据分析、结果判读以及报告出具过程。

适用于以大规模并行测序技术为技术路线的单基因遗传性疾病全外显子组测序，适用于该类型检测服务提供商及提供相关检测的各类检测机构。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T19703—2020/ISO15194:2009体外诊断医疗器械生物源性样品中量的测量有证参考物质及支持文件内容的要求

GB/T35890—2018高通量测序数据序列格式规范

GB/T42751—2023信息技术生物特征识别高通量测序基因分型系统规范GA/T1693—2020法庭科学DNA二代测序检验规范

T/CHIA21.2—2021组学样本处理与数据分析标准第2部分：全外显子组测序数据分析T/SZAS13—2019基因组学数据集

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。3.1

高通量测序high-throughputsequencing

能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通常一次测序反应能产生不低于100M碱基对的测序数据。

[来源：GB/T42751—2023，3.1]3.2

外显子组exome

个体基因组中能够编码产生蛋白质氨基酸序列的DNA区域的总和，在人类基因组中往往呈不连续的片段分布，占整个人类基因组的1～2%。

3.3

全外显子组测序wholeexomesequencing,WES

利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，然后通过高通量测序，主要识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及其调控区域相关遗传突变的技术手段。

[来源：T/CHIA21.2—2021，3.3，有修改]

3.4

临床全外显子组测序clinicalwholeexomesequencing;cWES

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利用序列捕获技术将外显子区域捕获并富集后进行高通量基因测序，针对公共数据库（如OMIM数据库）中明确致病的基因，对获得的全外显子组数据进行单基因遗传病相关的变异校正及解读信息注释，从而获得与受检者相关的遗传病变异信息的检测方法。

3.5

性能确认validation

性能确认是指对未经确认或自建的检验程序，以及明显修改过的检验程序，通过提供客观证据对特定的预期用途或应用要求已得到满足的认定。临床实验室应根据相应临床需要和目前技术水平制定检验程序分析性能标准（可接受的性能指标限值），作为确认结果解释的主要依据。

3.6

Barcode

一段特征性的脱氧核苷酸段片段，在多样本混合测序时，充当识别特定样本来源的唯一编号。[来源：GA/T1693—2020,3.10]

3.7

Q20

测序数据中，碱基识别质量值大于20的碱基占所有碱基的比例。

注：碱基识别质量值为20时，表示碱基的正确率为99%以上。Q20≥95%，则表示测序数据中95%及以上的碱基正确率为99%以上。

[来源：T/SZAS13—2019,3.1.12，有修改]3.8

Q30

测序数据中，碱基识别质量值大于30的碱基占所有碱基的比例。

注：碱基识别质量值为30时，表示碱基的正确率为99.9%以上。Q30≥85%，则表示测序数据中85%及以上的碱基正确率为99.9%以上。

[来源：T/SZAS13—2019,3.1.13，有修改]3.9

平均测序深度averagesequencingdepth

测序得到的落在目标区域的碱基数与目标区域长度的比值。3.10

覆盖度coverageratio

捕获芯片的覆盖度指捕获范围占参考序列总区域的百分比。而外显子组测序数据中的覆盖度则是指将测序序列比对到参考序列上时，所有被比对到的区域占捕获芯片范围总区域的百分比。

注：本文件中如无特殊注明，覆盖度均指外显子组测序数据中的覆盖度。3.11

单核苷酸变异singlenucleotidevariation;SNV

在基因组水平，由单个核苷酸位点的变异