拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析.docxVIP

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2024-09-18 发布于湖北
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拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析.docx

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拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析

刘靖魏俞虹肖榕

摘要：拟环纹豹蛛Pardosapseudoannulata是稻田害虫重要的自然天敌，在绿色防控中有重要作用。本研究基于拟环纹豹蛛转录组数据，使用微卫星鉴定工具软件（MISA）挖掘和分析其简单序列重复（SSR）位点。结果表明：拟环纹豹蛛转录组Unigene序列中共检测到6474个SSR位点，平均长度为12.36bp，分布于4411条Unigene上。单核苷酸重复类型为拟环纹豹蛛转录组SSR位点的主导基序类型，共5025个，占总SSR位点的77.62%;在拟环纹豹蛛转录组序列识别的6474个SSR中共发现了53种重复基元，从单核苷酸到五核苷酸重复基元分别有2种、6种、27种、15种和3种，其中（A/T）基元类型占明显优势，占总SSR的74.44%。拟环纹豹蛛转录组SSR位点丰富，有较高的多态性潜能，可作为开发SSR标记的有效来源，为拟环纹豹蛛的遗传多样性分析、功能基因的开发利用等方面的研究奠定基础。

关键词：拟环纹豹蛛;转录组;SSR;重复基元

：Q346+.5;Q959.1

：A

：1008-0457（2021）04-0031-07

国际DOI编码：10.15958/ki.sdnyswxb.2021.04.005

Abstract：ThewolfspiderPardosapseudoannulataisanimportantbiologicalcontrolagentofricepestsandplaysanimportantroleingreenpreventionandcontrol.Inthisstudy，basedonthetranscriptomedataofP.pseudoannulata，weusedMISA（microsatelliteidentificationtool）toanalyzeitsSSR（simplesequencerepeat）loci.Theresultsshowedthatatotalof6474SSRlociweredetectedintheUnigenesequenceofthetranscriptomedata，withanaveragelengthof12.36bp，distributedon4411Unigenes.TheMono-nucleotiderepeattypewerethedominanttype，itsnumberwas5025，accountingfor77.62%ofthetotalSSRloci.The6474SSRlociwereidentified53repetitivemotifs，therewere2，6，27，15and3repetitivemotifsfromMono-nucleotidetoHexa-nucleotide.（A/T）wasdominantrepetitivemotif，accountingfor74.44%ofthetotalSSR.TheSSRlocioftranscriptomeinP.pseudoannulatawererichandhighpolymorphismpotential.OurresultscanbeusedasaneffectivesourceforthedevelopmentofSSRmarkerandprovidefoundationforresearchofgeneticdiversityanddevelopmentfunctionalgenesofP.pseudoannulata.

Keywords：Pardosapseudoannulata;transcriptome;SSR;repeatmotif

擬环纹豹蛛Pardosapseudoannulata属于蛛形纲Arachnida蜘蛛目Araneae狼蛛科Lycosidae豹蛛属Pardosa，在我国分布较广，是稻田生态系统中优势种蜘蛛，尤其在我国南方的广东[1]、湖南[2]、湖北[3]、云南[4]、贵州[5]等地区常年可见。拟环纹豹蛛属于中型蜘蛛，成蛛体长可达到13mm，雌雄蛛均可多次交配，雌蛛每次平均产卵156粒，孵化的幼蛛群集在雌蛛背面3～7d后才离开，幼蛛期47～158d，成蛛期121～236d，雌蛛较雄蛛长21～62d[2，6-7]