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酸痛起源于身体组织部位的酸化现象，进而也使那里的神经纤维遭受异常激化而产生酸痛感。
我们身上的痛觉主要是通过分布在全身的神经纤维上的疼痛感受器感受的，而在这些疼痛感受器上面，有一种叫做酸感离子通道的神经受体。
只要周围的细胞发生酸化，这些神经离子通道就会被激化，因而启动疼痛感受器，激发神经纤维传递信号到大脑的痛觉中枢而产生痛觉。
在有氧代谢时，除了产生能量之外还会产生二氧化碳，二氧化碳一旦离开细胞后便和水结合成碳酸并进入血液，碳酸解离成碳酸氢根离子和氢离子，而后再到肺泡中交换成二氧化碳并散到大气中。
可是当身体处于慢性缺氧状态时，大多数细胞进行无氧呼吸代谢，结果使细胞外的碳酸浓度减少而氢离子浓度增加。这时候细胞外的酸碱度就越来越酸化，周围神经纤维上的酸感离子通道的神经受体快就被激活而产生酸痛感。
慢性缺氧的细胞群因为想要快速获得血氧，因此大量分泌炎症因子而形成慢性发炎，而这些炎症因子含有大量的酸性物质，具有杀菌功能，因而启动酸感离子通道造成痛感。
这也是为何发炎越严重，痛感越明显的原因。慢性缺氧产生的慢性发炎加上原本缺氧所造成的细胞酸性环境，将使身体缺氧部位产生较大痛感
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