低深度全基因组重测序的遗传变异解读和基因型推断 第 2 部分：人类基因组.docxVIP

1

低深度全基因组重测序的遗传变异解读和基因型推断第2部分：人类基因组

1范围

本文件规定了低深度全基因组重测序人类基因组数据的下机数据质控要求。

本文件提供了低深度全基因组重测序人类基因组数据的基因型推断和遗传变异解读结果的指南。

本文件适用于进行人类个体遗传变异解读时，对低深度重测序的下机数据质量、基因型推断技术的准确性和灵敏度以及遗传变异解读结果的规范性进行评价。

本文件不适用于临床诊断。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

T/LTIAXXX-2021低深度全基因组重测序的遗传变异解读和基因型推断第1部分：通用要求

3术语和定义

T/LTIAXXX-2021界定的术语和定义适用于本文件。

4缩略语

下列缩略语适用于本文件。

bp：碱基对（basepair）

dsSNP：单核苷酸多态性数据库(thesinglenucleotidepolymorphismdatabase)

NCBI：美国国立生物技术信息中心(nationalcenterforbiotechnologyinformation)OMIM：在线人类孟德尔遗传数据库(onlinemendelianinheritanceinman)

GRCh：基因参考序列联盟发布的人类基因组参考序列（genomereferenceconsortiumhumanbuild）hg：美国加州大学圣克鲁兹分校发布的人类参考基因组序列（humanreferencegenome）

HGVS：人类基因组变异协会（humangenomevariationsociety）

GP：基因型后验概率(genotypeposteriorprobability)

5通用要求

5.1人类基因组的低深度全基因组重测序数据分析流程应符合T/LTIAXXX-2021中第5章的要求。

5.2参考序列

宜使用NCBI发布的最新版本人类参考基因组作为参考序列。

注1：NCBI发布的人类参考基因组有GRCh系列和hg系列。GRCh和hg版本具有关联性：GRCh38对应hg38，GRCh37对应hg19。

注2：截至目前最新版本是2017年12月发布的GRCh38[1]和hg38[2]。

5.3测序类型和下机数据质量

人类基因组的低深度全基因组重测序类型和数据质量要求见表1。

2

表1人类基因组的低深度全基因组重测序类型和数据质量要求

类别

要求

测序类型

双端测序（PE）

读长

≥100bp

Q30比例

≥80%

GC含量

≤45%

测序重复率

≤20%

比对率

≥80%

1X测序深度下的1X覆盖度

≥60%

4X测序深度下的1X覆盖度

≥90%

6变异分析

6.1变异分析的范围应符合T/LTIAXXX-2021中7.1的要求。

6.2VCF的过滤应符合T/LTIAXXX-2021中7.2的要求。

7基因型推断

7.1基因型推断应符合T/LTIAXXX-2021中8的要求，基因型推断结果文件格式示例见附录A。

7.2参考基因组

7.2.1宜使用最新版本国际千人基因组计划项目（1000GenomesProject）的基因组数据作为标准参考基因组。

注：国际千人基因组计划项目（1000GenomesProject）于2015年搭建并发布Phase3版参考基因组，该参考基因组涵盖了非洲、欧洲、东亚、南亚、拉丁美洲五大地域的多种族和多民族数据[3]。

7.2.2如所有测序样本来自于单一的人种或民族，宜在最新版本国际千人基因组计划参考基因组的基础上，结合大量该人种或民族的其他样本，重新搭建满足特殊需求的参考基因组，提高低深度数据基因型推断结果的准确性和灵敏度。

示例：当研究对象为中国汉族时，在国际千人基因组计划参考基因组（或者只选取其中的东亚EAS样本）的基础上结合大量其他的中国汉族样本，搭建出满足需求的中国汉族参考基因组。与单纯使用国际千人基因组计划参考基因组相比，针对中国汉族的参考基因组可以显著提升中国汉族样本的基因型推断结果的准确性和灵敏度。

7.3基因型推断结果质量

7.3.1基因型推断前应使用标准品及其标准变异集进行准确性和灵敏度的评估。宜使用国际通用标准品及基于国际千人基因组计划Phase3的参考基因组进行基因型推断。当有特殊需求时，可使用自行搭建的目标人群参考基因组进行评估。

注：目前国