蛋白质组学专题分析2024：破译生物转录密码，市场潜力巨大.pdf

导读

蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及

其变化规律的学科。蛋白质组学在生物信息流中起到承上启下的作用，相比于

基因组学和转录组学，蛋白质组学更接近生物表型，在分子水平代表着疾病的

发生和发展。和基因组学相比，目前蛋白质组学赛道仍处于早期发展阶段，未

来市场潜力巨大。

1蛋白质组学基本概念

蛋白质组（Proteome）是指一个细胞或组织由整个基因组表达的全部蛋白质总

和。而蛋白质组学（Proteomics）是采用大规模、高通量、系统化的方法，从整

体的角度分析细胞或组织内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平和修饰状态及蛋

白质之间的相互作用的学科，目的在于揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律的关

系。

蛋白质组及蛋白质组学

蛋白质组研究对象涉及人体、动物、植物和微生物，可以为疾病标志物的筛选、疾

病机制研究、植物抗逆机理研究、发育机制研究等方向提供技术手段，为精准医

疗、药物靶点研究、药效分析等提供支持。

蛋白质组学和其他组学的对比

发展历程

蛋白质组概念最早在1995年由澳大利亚科学家MarcWilkins提出，他首次将蛋

白质（protein）和基因组（genome）拼成一个新的单词proteome，用来描述

基因组编码的蛋白质。

2001年，人类基因组计划草图完成，然而基因只是遗传密码，在生命活动中真正发

挥作用的是蛋白质。同年，Nature专刊宣布人类蛋白质组学组织（HUPO）成

立。

2002年，人类蛋白质组计划启动。首批启动了肝脏、血浆蛋白质组计划，之后又陆

续启动脑、肾脏和尿液、心血管等器官/组织蛋白质组计划，以及数据分析标准

化、抗体、生物标志物等支撑分计划。

2014年，Nature发表了2篇文章公布人类蛋白质组草图，通过分析30种人类

不同的组织，识别出17294个蛋白质，并通过表达分析证明了蛋白的组织和细胞

特异性。

蛋白质组学的发展离不开技术的支撑，iTRAQ、MRM、TMT、DIA等技术的出现

以及质谱的不断迭代，促使蛋白质组学逐渐走向成熟。

蛋白质组学发展历程大事记

研究分类

蛋白质组学的主要研究内容包括蛋白质组的种类、表达量变化、翻译后修饰、蛋

白-蛋白相互作用以及其参与的生物功能，根据研究对象及研究方法的不同，可分

为定性蛋白质组学、定量蛋白质组学、翻译后修饰蛋白质组学、相互作用蛋白质组

学。

蛋白质组学的分类

2蛋白质组学应用场景广泛

蛋白质组学在生物学及医学、农业及植物生物学、食品科学、畜牧兽医学、微生物

学、海洋生物学、古生物学等领域均有相关应用。

蛋白质组学应用场景举例

蛋白质组学助力生物标志物发现

不同的病理过程中蛋白质的种类和数量会有明显的变化，比较正常和病理状态下的

组织中蛋白表达量、修饰状态以及表达位置的差异，部分蛋白在病理状态下会显著

上调或下调（也可能缺失），可以发现与病理改变相关或疾病特异性的蛋白。

这些与疾病相关的蛋白可以成为疾病的生物标志物（biomarker）或用来探索疾病

发病机制、作为药物开发的作用靶点等。对于特定的biomarker在相关疾病中的

作用进行深入研究，能够为找到疾病的病因以及发病机制提供证据；biomarker也

是疾病临床分期分型的分子基础。

例如，已确认的癌症biomarker中超过一半都属于糖蛋白，可以用来作早期检测

和疗效评价。基于质谱技术的糖蛋白质组学可以对糖蛋白进行大规模分析，为肿瘤

的分型和进程提供判断依据。

基于蛋白质组学的临床标志物发现流程

NGS揭示了大量与