TMT（TandemMass Tag）标记定量蛋白质组学分析报告.docx

TMT（TandemMassTag）标记定量蛋白质组学分析报告

项目名称

TMT标记定量蛋白质组学

合同编号

XXXXXXXX

项目样本信息

物种信息

XX

客户信息

客户姓名

XX

客户单位

XXXXXXXXXX

杭州联川生物技术股份有限公司

杭州钱塘新区下沙6号大街260号中自科技园16幢4层邮编：310018

目录

1.项目结果展示

1.1样本标记相关信息

1.2蛋白质定性结果展示

1.3蛋白质定量结果统计

2.进阶生物信息学分析

2.1生物信息分析内容

2.2GeneOntology(GO)功能注释

2.3差异表达蛋白质GO富集分析

2.4KEGG通路注释

2.5差异表达蛋白质KEGG通路富集分析

2.6蛋白质聚类分析（Clustering）

3.质量控制

3.1预实验结果

3.1.1蛋白质抽提、定量、SDS检测

3.1.2预实验结论

3.2标记效率质控

3.3仪器状态质控

3.4质谱鉴定和定量结果评估

3.4.1肽段离子得分分布

3.4.2蛋白质相对分子质量分布

3.4.3蛋白质等电点分布

3.4.4肽段序列长度分布

3.4.5蛋白序列覆盖度分布

3.4.6鉴定肽段数量分布

3.4.7蛋白质丰度比分布

3.4.8火山图（Volcanoplot）

4.项目流程及实验方法简介

4.1TMT原理

4.2项目流程

4.3数据分析流程

4.4实验方法

杭州联川生物技术股份有限公司

杭州钱塘新区下沙6号大街260号中自科技园16幢4层邮编：310018

4.4.1实验仪器和分析软件

4.4.2试剂和耗材

4.4.3蛋白质抽提

4.4.4SDS电泳

4.4.5FASP酶解[8]

4.4.6TMT标记

4.4.7HighPHRP分级

4.4.8质谱分析

4.4.9数据分析

4.5生信分析方法

4.5.1GeneOntology(GO)功能注释

4.5.2KEGG通路注释

4.5.3GO注释与KEGG注释的富集分析

4.5.4蛋白质聚类分析(Clustering)

5.输出文件及保存位置

5.1输出文件注释说明

5.2输出文件保存位置

6.参考文献

杭州联川生物技术股份有限公司

杭州钱塘新区下沙6号大街260号中自科技园16幢4层邮编：310018

1.项目结果展示

1.1样本标记相关信息

表1-1样本标记信息

TMT标记

126

127

128

129

130

131

No.

样本组别

A

B

样本名称

A1

A2

A3

B1

B2

B3

样本编号

A1

A2

A3

B1

B2

B3

1

备注：No.：多组标记实验序号。

1.2蛋白质定性结果展示

表1-2蛋白质鉴定结果统计

Database

No.

Totalspectra

Spectra(PSM)

Peptides

Uniquepeptides

Proteingroups

MusMusculus

1

283139

82607

41619

38398

5612

备注：Database：选择使用的数据库物种名称（该物种信息由客户提供）；No.：标记实验序号；Totalspectra：二级质谱谱图总数；Spectra（PSM,PeptideSpectrumMatch）：鉴定肽段匹配到的谱图数；Peptides：鉴定到的肽段总数；Uniquepeptides：鉴定到的唯一肽段总数；Proteingroups：鉴定到的蛋白质总数。

输出文件：

1)项目结果展示\\附件1_蛋白质鉴定列表.xlsx

2)项目结果展示\\附件2_肽段鉴定列表.xlsx

1.3蛋白质定量结果统计

符合表达差异倍数大于1.2倍（上下调）且Pvalue（ttest）小于0.05筛选标准的蛋白质视为差异表达蛋白质。

表1-3蛋白质定量结果统计

Comparisons

Up-

Down-

All-

A/B

103

179

282

备注：Comparisons：差异比较组；Up-：上调差异表达蛋白质；Down-：下调差异表达蛋白质；All-：所有差异表达蛋白质。

输出文件：

1)项目结果展示