基因工程专题1：基因芯片和第二代测序技术简介.pptVIP

下载本文档

0
0
约2.8千字
约 29页
2024-11-14 发布于广西
举报
版权申诉

基因工程专题1：基因芯片和第二代测序技术简介.ppt

1、本文档共29页，可阅读全部内容。
2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
5、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
6、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
7、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
8、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次，网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档

一、基因芯片〔genechip〕技简介生物芯片〔biochip〕基因芯片〔genechip,DNAchip,orDNAmicroarry〕根本概念GeneChip主要是利用Northernblotting的原理，将NorthernBlotting的探针固定在特定的固体基质上，而原来印记在膜上的目标RNA进行标记，然后进行的大规模的杂交。

TheDimensionsofaGeneChip5”5”Upto~6,500,000features/chip1.28cm1.28cm5μm5μm******Millionsofidentical

probes/feature

基因芯片的制作方法原位合成芯片光蚀刻原位合成法〔Affymetrix〕、电化学原位合成法、喷墨式原位合成法点样芯片针点式点样法、喷墨式点样法

原位光刻合成基因芯片原理光源遮蔽板芯片

arrayprobesA3×3arrayCGACGACACGAGCGAGCNucleotideDepositionSequenceACGAMask1AAAAA探针合成

探针合成arrayprobesA3×3arrayCGACGACACGAGCGAGCNucleotideDepositionSequenceACGCMask2CCCCCCAAAAA

A3×3arrayCGACGACACGAGCGAGCNucleotideDepositionSequenceACGGMask3CCCCCCAAAAAGGGGGGCGACGACGAGCGAGCAC探针合成完成的芯片

Cy3和Cy5Cy3激发波长532nmCy5激发波长635nm

表达谱芯片实验流程1、别离RNA〔10μg〕2、标记3、杂交〔预杂交〕4、洗片5、扫描

AffymetrixGeneChip?

二、第二代测序技术简介

〔Next-generationsequencing〕

KeyGenomicsTechnologies1975-SouthernDNAhybridizationtechnique1977-Sanger’schain-terminationandMaxam、Gilbert’schemicalDNAsequencingmethods1980-Automatedinsituoligonucleotidesynthesisinstrument1985-Mullis’sdiscoveryofPCRatCetus1992-Affymetrix(Fodor’sgroup)firstgene-chip1995-ABI’sfirstautomatedDNAsequencer2006-2ndgenerationDNAsequenceronmarket2007andbeyond–Singlemoleculesequencingtechniques

测序技术的开展双脱氧末端终止法(Sanger测序法)1970s同位素标记，手工1980s荧光标记，自动1990s毛细管电泳合成测序法〔第二代测序〕焦磷酸测序〔Pyrosequencing,Roche/454〕合成测序〔Sequencing-By-Synthesis,Illumina/Solexa〕连接测序〔Sequencing-By-Ligation,ABI/SOLiD〕单分子测序技术〔第三代测序〕HelicosPacificBiosciencesOxfordNanopore14

厂商RocheIlluminaABI技术454SolexaGASOLiD测序仪GS20FLXTiIIIIIx123序列数目（百万）0.50.51.252810025040115320单末端测序（Single-end）读长（bp）1002004003550100253550运行时间（天）0.250.30.4335658通量（Gb）0.050.10.515251416配对末端测序（Paired-end）读长（bp）2004002×352×502×1002×252×352×50库序列长度（kb）3.53.50.20.20.2332运行时间（天）0.30.461010121016通量（Gb）0.10.529502832Solexa和SOLiD配对末端测序所需时间和产出是单末端的两倍，454的配对末端和单末端差异在于建库方法，所需时间和测序量不变。ABISOLiD包含两张芯片，这里的数据是一张芯片的量。表1.1目前使用最广泛的三大第二代测序平台测序能力统计信