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DNA双序列比对问题的算法.pdf

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2015249

DNA

(,450000)

:,.

Needleman-WunschSmith-Waterman,Smith-Waterman

,,.,

:;;

DNAPairwiseSequence

CAOLi,XUYu-Long,DENGCong-Bin

(SchoolofInformationTechnoelgy,HenanUniversityofTraditionalChineseMedicine,Zhengzhou450000,China)

Abstract:Withthesurgeinsequencedataofbiologicalsequencedatabase,developingaalgorithmwhichhasthehigh

biologysensitivityandefficiencyisveryurgent.BasedonthedeepanalysisontheNeedleman-Wunschand

Smith-WatermanAlgorithmofbio-sequencealignment,theauthorenhancestheSmith-Watermanalgorithmaswellas

provesitsaccuracythroughaseriesofexperimentsinthispaper.ComparingbetweentheSmith-Watermanalgorithm

andtheimprovedone,theauthoranalyzestheperformanceofthetwoalgorithms.Experimentalresultsshowthatthe

newlyimprovedalgorithmcanoptimizethenumberoflocaloptimalsolutionsforpairwisesequence,reducethe

complexityintimeandspaceofbio-sequencealignmentalgorithms,andincreasethescoresandaccuracyofsequence

alignments.

Keywords:bioinformatics;pairwisesequencealignment;algorithm

,,[2,3].

.:1

,,,

,.(pair-wisesequencealignment)(multiple

,sequencealignment).

,[1]..,

NP,.

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