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#数据库#starBaseV2之数据库构建流程
Joyo
StarBase（）数据是由中山大学开
发的，目前已经更新到v2版本。它利用CLIP-seq数据miRNA-
ceRNA,miRNA-ncRNAandprotein-RNA互作网络。starBase第一版本
主要是研究miRNA-mRN作用网络，第二版本延伸到到研究其他non-
codingRNA,protein等间综合作用网络。文献搜索显示，
starBaseV2自2013年12月在核算数据库刊登以来，率已经
有72次了。
接下来的三个系列，我将为大家详细介绍starBaseV2的构建和使
用。今天的是starBaseV2的构建流程，这个对于后续介绍它的使
用非常有意义。
图1展示了StarBaseV2的workflow：
在将starBaseV2框架前，先对两个名词做简单介绍argonature(ago)
蛋白，ceRNA(competingendogenousRNAs)。Ago蛋白在RNA沉
默过程中发挥重要的作用，它是RISC（RNA-inducedsilencingcomplex）
基本组成部分。Ago蛋白在small-RNA的下与特定的RNA序列结
合，从而导致mRNA清理或者转录抑制。ceRNA（competingendogenous
RNAs）假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。已知microRNA
可以通过结合mRNA导致沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结
合microRNA来调节表达。ceRNA可以通过应答元件（microRNA
responseelements，MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致
的沉默，这揭示了一条RNA-microRNA调节通路的存在，具有
重大生物意义。
1.从GEO数据库收集了108套37个独立实验的CLIP数据，从
中分析AgoandRBP(RNA-bindingprotien)bindingsites.
2.从Agobindingsites中分析miRNAbindingsites,从而得到
expermentsurportedmiRNA-targetnetwork.
3.根据5种miRNA靶预测方法TargetScan,miRanda,Pictar2,
PITAandRNA22，得到predictedmiRNA-targetnetwork.
4.比较2和3的结果，取其共有的部分，得到AgoCLIP-supported
miRNA-targetnetwork.
5.用ENCODE对target进行分类:mRNA,pseudogenes,lncRNA,
circRNAs。从而将miRNA-target分为miRNA-mRNA,miRNA-
pseudogenes,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNAs.
6.ceRNApair:对于某个RNA，计算它的ceRNAs(即被共同的
miRNAset调控)，使用的是超几何检验。
7.miRNAandceRNAnet
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