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基于转录组学的石竹科植物系统进化研究

中文摘要

石竹科共包含11族、约101属，约2200种植物。石竹科植物全球广布，主要分布

在北半球温带和暖温带地区，多样化中心位于地中海和伊朗–突雷尼地区。该科植物绝

大多数物种是一年生或多年生草本，稀为亚灌木或者灌木。茎和枝在节上膨大，单叶对

生，交互对生，聚伞花序或者聚伞状圆锥花序，是该科植物主要特征。1

石竹科包含许多潜在经济价值的植物，但该科植物的系统发育关系尚未得到完全解

决，且该科植物的进化历史也尚不明晰，制约了对石竹科多样化进程的认识。一个高度

解析的深层次系统发育关系是探讨进化历史的关键前提，同时也是进一步深入了解类群

分化演变的关键证据。随着测序技术的快速发展，海量的组学数据的产生将使得解析石

竹科系统发育关系，探究石竹科植物的进化历史和大规模的全基因组加倍事件成为可能。

在本项研究中，利用获得的25个新测序的转录组数据，并结合公共数据共70个石

竹科的转录组数据，代表了石竹科所有的族，重建石竹科植物的系统发育框架。依据4

个基因数目不同的数据集（342OGs、693OGs、1587OGs和2853OGs）重建石竹科系

统发育关系，获得了拓扑结构一致的石竹科物种树，高度支持石竹科11个族的单系性，

并且厘清了各族间的系统发育关系。同时本研究还利用串联的单拷贝342OGs数据矩阵

构建了拓扑结构一致的ML树和BI树。基于本研究获得的具有高解析度的石竹科拓扑

结构，支持进一步将11个族分为8个分支（CladeⅠ-CladeⅧ）。其中，位于石竹科基

部依次分化的韦草族（Corrigioleae）、指甲草族（Paronychieae）、多荚草族（Polycarpeae）

和大爪草族（Sperguleae）构成了四个分支（CladeⅠ-CladeⅣ）。剩余7族的单系性在

所有基因集中均得到100%的支持，但是蝇子草族（Sileneae）和老牛筋族（Eremogoneae）

组成的分支（CladeⅤ）与石竹族（Caryophylleae）一族组成的分支（CladeⅥ），在物

种树中的分化顺序与ML树和BI树中分化顺序有冲突。接下来漆姑草族（Sagineae）、

线球草族（Sclerantheae）和无心菜族（Arenarieae）组成一个分支（CladeⅦ），繁缕

族（Alsineae）一个族组成一个分支（CladeⅧ）。

本研究得到国家自然科学基金（NO的资助

I

基于高度解析的系统发育框架，本研究通过估算不同分支的分化时间、探测多样化

速率转变节点、鉴定全基因组加倍事件（wholegenomeduplication，WGD）发生的位置

以及祖先分布区的重建，进一步探讨了石竹科多样化的进化历史及生物地理起源。研究

结果显示，石竹科最近共同祖先起源于白垩纪晚期（82Ma），并且在短时间内发生了

快速分化，同时伴随有1次大规模基因重复事件的发生，在整个石竹科进化历史中共发

生9次全基因组加倍事件。研究发现石竹科植物起源于亚洲大陆，在始新世，石竹科植

物从亚洲大陆开始经历向欧洲和北美州的扩散和传播。

综上所示，本研究利用低拷贝核基因成功解析了石竹科深层次的系统发育关系。基

于本研究的结果，推测多次全基因组加倍事件促进了石竹科的多样化进程，以及石竹科

物种可能起源于亚洲大陆。本研究结果为进一步探讨石竹科物种的进化历史提供了参考。

关键词：石竹科；转录组；系统发育；分化时间；多样化；全基因组加倍；祖先分布区

II

PhylotranscriptomicsstudyofCaryophyllaceae

ABSTRACT

TheangiospermfamilyCaryophyllaceaeincludesabout2200speciesbelongingto11

tribes,101genera.Caryophyllaceaeplantsarewidelydistributedintheworld,mainlyinthe

temperateandwarmtemperateregion