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#软件工具#Cytoscape插件Enrichmentmap分析DAVID富集结果

十九杯水

DAVID（）工具可用于多

个物种集富集分析，其使用非常广泛，单从原文献次数达到

七千多就可以看出来。所以呢，做研究的最好学会该工具使用，其

网页上也有相关帮助文件。DAVID使用方法不在这里介绍了，我们重

点关注DAVID富集结果的后续分析。

这里有275个小鼠，通过DAVID富集分析（设置参数

EASE0.05，表示显著性富集结果），我们分别得到GO功能富集结果

（DAVID也给出其它数据库结果，这里以GO为例）。其中，GOBP

结果后格式如下（其它结果输出格式类似），表头为Term显著富

集GOBP条目，Count为显著富集到某个条目的个数，PValue表

示显著富集的P值等。

上述结果很清楚，但是这样Term有100多个，实际分析中可能会

。做过富集分析的童鞋应该知道，不同Term之间可能会存在

现象。那么，有没有好的办法将这些Term间的关联展示出来

呢，最好批量给出的。Cytoscape插件-Enrichmentmap可以做

到这些，并且上述表格数据可直接作为插件输入数据，省去了中间数

据处理步骤。

Enrichmentmap插件安装后（通过Cytoscape工具“Apps”

安装），打开上图界面，只需要三步走：点击DAVID运行图标输

入从DAVID直接的数据，并设置参数点击运行。有木有很简

单~~~，点击运行后，出现下面界面，红色框框就是Term间的关联网

络。

原始图看的不是很清楚，我们重新设置节点和颜色如下图。

下图可以比较明显的看出富集条目之间的关联，节点大小由关联条目

的数目决定，边的粗细由两个Term间相同数目决定。

通过“EdgeTable”也可查看任意两个关联条目的overlap，这部分

可以直接到excel表格中去。好了，该插件介绍到这里，欢迎大

家使用，共同交流~~