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激酶抑制剂如何设计?不妨从FDA批准上市的82种小分子蛋白激酶抑制剂找找灵感.pdf

激酶抑制剂如何设计?不妨从FDA批准上市的82种小分子蛋白激酶抑制剂找找灵感.pdf

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蛋白激酶催化蛋白质磷酸化修饰的酶,将ATP末端磷酸基转移到底物蛋白的酪氨酸、苏氨酸或丝氨酸残基上。蛋白磷酸化激活多种信号转导,参与调控细胞生长、分化、稳态和死亡等一系列生物过程。经过二十多年的沉沉浮浮,激酶已成为药物发现的重要靶点。

激酶抑制剂如何设计?不妨从FDA批准上市

的82种小分子蛋白激酶抑制剂找找灵感

前言

截至2024年9月,美国食品药品监督管理局(FDA)已批准82种小

分子蛋白激酶抑制剂上市。这些抑制剂大约靶向50种激酶,覆盖了

真核蛋白激酶组的TK、TKL、STE、CMGC和AGC中的20个家族,以及

非典型蛋白激酶的PIKK家族。

其中有62种主要靶向酪氨酸激酶TK。EGFR和JAK家族获批抑制剂数

量最多,各有10种,其次是VEGFR家族,有8种抑制剂获批上市。

除此之外,脂质激酶家族PI3K已有7款药物获批上市(截止2024年

11月)。

这些抑制剂可以用于治疗乳腺癌、淋巴瘤、白血病等各种癌症,以及

特应性皮炎、类风湿性关节炎和银屑病等炎症性疾病。

庞大的蛋白激酶家族

蛋白激酶催化蛋白质磷酸化修饰的酶,将ATP末端磷酸基转移到底物

蛋白的酪氨酸、苏氨酸或丝氨酸残基上。蛋白磷酸化激活多种信号转

导,参与调控细胞生长、分化、稳态和死亡等一系列生物过程。经过

二十多年的沉沉浮浮,激酶已成为药物发现的重要靶点。

按照被磷酸化的底部蛋白的氨基酸残基种类,可以将激酶分为5大类:

酪氨酸激酶(TK)、丝氨酸/苏氨酸激酶、组氨酸激酶、色氨酸激酶

和天冬氨酰基/谷氨酰基激酶。

Manning等人于2002年在Nature发表了一篇具有里程碑意义的综述

文章,认为人类基因组约编码518种蛋白激酶,其中478种属于传统

真核蛋白激酶(ePKs,具有保守的催化结构域)和40种非典型蛋白

激酶(aPKs,与ePKs在序列上没有明显的相似性,但具有蛋白激酶

的功能)。这些激酶具有相似的三维结构,均有ATP结合域,可据此

设计高效的激酶抑制剂。

以此为基础,Manning等人开发了KinBase数据库,根据激酶催化结

构域的序列,将538种蛋白激酶按组、家族和亚家族三个维度进行分

类,主要包括TK、TKL、STE、CK1、AGC、CaMK、CMGC等组。对人类

蛋白激酶进行全面的分类和注释极大地促进了激酶和信号通路研究

以及激酶药物发现。

激酶组概述

AGC15个家族,63种激酶,如Akt、PKA、PKC、PKG等

CaMK17个家族,74种激酶,依赖于钙离子或钙调蛋白,如CAMK1、PKD、

AMPK等

CK13个家族,12种激酶,如CK1、TTBK、VRK等

CMGC9个家族,64种激酶,如CDK、MAPK、GSK、CLK等

STE4个家族,47种激酶,MAPK信号通路的关键节点,包括

STE7/MAP2K/MEK、STE11/MAP3K和STE20/MAP4K

TK29个家族,90种激酶,酪氨酸激酶,如ALK、JAK、FGFR、VEGFR

TKL8个家族,43种激酶,如RAF、MLK、RIPK等

Other35个家族,81种激酶,如IKK、NEK、ULK等

82种FDA批准上市的激酶抑制剂

截至2024年9月,美国FDA已批准82种小分子蛋白激酶抑制剂(SMKIs)

上市。其中受体酪氨酸激酶抑制剂有41种,非受体酪氨酸激酶抑制

剂有21种,丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂16种,靶向双特异性激酶

(MEK1/2)抑制剂有4种。

其中68种药物用于治疗肿瘤,14种药物用于治疗炎症性疾病(特应

性皮炎、类风湿性关节炎、牛皮癣、斑秃和溃疡性结肠炎)及骨髓纤

维化、青光眼等。有26种激酶抑制剂可用于治疗多种疾病。

82种经FDA获批的SMKIs主要靶向21个激酶家族,约占激酶组的20%。

TK激酶组最受青睐,共有62种抑制剂靶向其15个激酶家族的30多

种激酶蛋白。首先EGFR/HER和JAK激酶家族SMKIs数量最多,分别

有10种上市。其次血管内皮生长因子受体(VEGFR)家族也受到广泛

关注,已有8种SMKIs上市。

激酶家族上市数量激酶家族上市数量

EGFR/ERBB10JAK10

VEGFR8BCR-Abl6

ALK5BTK

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