生物序列的同源性搜索简介及其应用.ppt

*2.在同一条对角线中临近的增强点成为一个增强段。每一个增强点都赋予一个正的分值，一个增强段中相邻的两个增强点之间的不匹配区域赋予一定的负值。一个增强段对应于一段相匹配的子序列，分值最高的段被标记为init1。FASTA算法（二）第63页,共73页，星期六，2024年，5月*引入indel。把那些没有重叠(non-overlap)的增强段拼接起来(增强段的分值之和减去空位处罚)。分值最高的区域记为initn。FASTA算法（三）第64页,共73页，星期六，2024年，5月*4.对最有可能的匹配序列进一步评分：以增强段init1所在的对角线为中心，划分出一个较狭窄的对角线带，利用S-W算法，来获得分值最高的局部比对，记作opt。FASTA算法（四）第65页,共73页，星期六，2024年，5月*决定采用initn或opt的分值，前者敏感度低但速度快。FASTA对每一个检索到的比对都提供一个统计学显著性的评估，以判断该比对的意义。FASTA算法（五）第66页,共73页，星期六，2024年，5月*第67页,共73页，星期六，2024年，5月*注意…FASTA对DNA序列搜索的结果要比对蛋白质序列搜索的结果更敏感。它对数据库的每一次搜索都只有一个最佳的比对，一些有意义的比对可能被错过。第68页,共73页，星期六，2024年，5月*两个保守区域的信息返回第69页,共73页，星期六，2024年，5月*Dotmatrix

分析第70页,共73页，星期六，2024年，5月*用Dotmatrix分析基因中的重复序列第71页,共73页，星期六，2024年，5月*使用Dotter在斑马鱼序列的contig中定位ddah基因的位置第72页,共73页，星期六，2024年，5月感谢大家观看第73页,共73页，星期六，2024年，5月***分析过程（四）8.输出格式选项保持默认值9.点击开始搜索第31页,共73页，星期六，2024年，5月*分析过程（五）10.查询序列的一些相关信息在cdd库里面找到两个保守区域，点击可以进入第32页,共73页，星期六，2024年，5月*分析过程（六）图形结果第33页,共73页，星期六，2024年，5月*分析过程（七）匹配序列列表第34页,共73页，星期六，2024年，5月*分析过程（八）具体匹配情况第35页,共73页，星期六，2024年，5月*为什么使用单机版的Blast？ 1.特殊的数据库要求。 2.涉及序列的隐私与价值。 3.批量处理 4.其他原因？？单机版的Blast使用（一）第36页,共73页，星期六，2024年，5月*单机版Blast的基本操作过程 1.下载单机版的Blast程序/blast/executables/目录下，下载对应的操作系统版本。 2.解压程序包(blast-2.28-ia32-linux.tar.gz)命令是:$tarzxvfblast-2.28-ia32-linux.tar.gz 单机版的Blast使用（二）第37页,共73页，星期六，2024年，5月*下载正确的Blast程序包blast:在本地运行的blast程序包wwwblast:在本地服务器建立blast服务的网站netblast:blast的客户端程序，直接链接至NCBI的BLAST服务器，使用BLAST服务，不需浏览器。第38页,共73页，星期六，2024年，5月*下载正确的Blast程序包Blast程序包的名字上还包括了该程序包运行的硬件和操作系统环境：硬件环境（CPU）操作系统sparcpowerPCia32ia64amd64mipsalphalinuxmacoxsolarisirixaixfreebsdwin32hpux第39页,共73页，星期六，2024年，5月* 3.获取Blast数据库 a.直接从ncbi下载 /blast/db/ b.用Blast程序包提供的formatdb工具自己格 式化序列数据成数据库。 假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：单机版的Blast使用（三）第40页,共73页，星期六，2024年，5月*核酸序列：$./formatdb–isequence.fa–pF–oT/F–ndb_name蛋白序列：$./formatdb–isequence.fa–pT–oT/F–ndb_name单机版的Blast使用（四）第4