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DayandMcDadeBMCBioinformatics2013,14:223
METHODOLOGYARTICLEOpenAccess
Adecisiontheoryparadigmforevaluating
identifiermappingandfilteringmethodsusing
dataintegration
RogerSDay1,2*andKevinKMcDade1
Background:Inbioinformatics,wepre-processrawdataintoaformatreadyforansweringmedicalandbiological
questions.Akeystepinprocessingislabelingthemeasuredfeatureswiththeidentitiesofthemolecules
purportedlyassayed:“molecularidentification”(MI).Biologicalmeaningcomesfromidentifyingthesemolecular
measurementscorrectlywithactualmolecularspecies.ButMIcanbeincorrect.Identifierfiltering(IDF)selects
featureswithmoretrustedMI,leavingasmaller,butmorecorrectdataset.Identifiermapping(IDM)isneeded
whenananalystiscombininohigh-throughput(HT)measurementplatformsonthesamesamples.IDM
producesIDpairs,oneIDfromeachplatform,wherethemappingdeclaresthatthetwoanalytesareassociated
throughacausalpath,directorindirect(example:pairinganIDforanmRNAspecieswithanIDforaprotein
speciesthatisitsputativetranslation).ManycompetingsolutionsforIDFandIDMexist.Analystsneedarigorous
methodforevaluatingandcomparingallthesechoices.
Results:WedescribeaparadigmforcriticallyevaluatingandcomparingIDFandIDMmethods,guidedbydataon
biologicalsamples.Therequirementsare:alargesetofbiologicalsamples,measurementsonthosesamplesfromat
leasttwohigh-throughputplatforms,amodelfamilyconnectingfeaturesfromtheplatforms,andanassociation
measure.Fromtheseingredients,onefitsamixturemodelcoupledtoadecisionframework.Wedemonstratethis
evaluationparadigminthreesettings:comparingperformanceofseveralbioinformaticsresourcesforIDMbetween
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