计算材料学实验（燕友果）实验二　利用gaussian进行几何优化（寻找过渡态）.pdf

实验二利用Gaussian进行几何优化（寻找过渡态）

一、实验目的

1)了解势能面、极小值、极大值、鞍点、最小能量途径的意义；

2)利用Gaussview搭建分子模型，建立相Gaussian09输入文件；

3)依据所建模型体系大小选择合适方法、基组，进行结构优化；

4)掌握结构优化结果文件分析，并利用Gaussview分析计算结果；

5)分析几何优化过程中相关量的优化过程，寻找乙胺分子两个异构体的过渡

态。

二、实验原理以及方法

势能面：由于分子自身几何构型微小变化产生的能量变化而绘制的能量图。

势能面是连接几何构型和能量的数学对应关系曲线。

1）极大值：一个区域内的能量最高点，向任何方向的

几何变化都能够引起能量的减小。

2）全局最大值：在所有的局域极大值中的最大值，就

是全局最大值。（极小值也同样）

3）鞍点：在一个方向上具有极大值，而在其他方向上

具有极小值的点。（一般的，鞍点代表连接着两个极

小值的过渡态）

4）静态点：对于所有极小值和鞍点,其能量对位置的一

阶偏导数，即梯度(gradient)都为零,这样的点被称为静

图1势能面解析图态点(stationarypoint)

几何优化：就是在势能面上寻找寻找极小值点，极小值点对应的几何构型就

是分子可能的平衡几何构型。优化方法：由初始构型开始，计算能量和梯度，决

定下一步的方向和步长，其向能量下降最快的方向进行。当只有当计算收敛的时

候优化才会结束。

高斯默认的收敛标准：

（这四个条件必须同时满足，才可认为得到了稳定的几何构型）

1）力的最大值小于0.00045；

2）力的均方根小于0.0003；

3）于下一步计算的位移差小于0.0018；

4）位移差均方根小于0.0012。

三、实验仪器

Gaussian09，GaussView，软件计算机

四、实验步骤

首先在GaussView中构建分子构型（乙胺的两个异构体），然后分别进行几

何优化，优化至能量最低值minimum，使用优化后的分子，分别使用两种方法

寻找其过渡态TS，对两种方法计算的最终结果进行比较分析。

五、计算结果分析

1）计算所用的乙胺分子如图2所示。如图所示两个分子中-NH2的空间原子

排布相互垂直，认为这两种构型对应乙胺分子势能面中的两个极小值点的构型，

因此可以想象，过渡态所对应的分子构型应为-NH2在两种构型中间位置。

图2乙胺分子的两种同分异构体

2）软件判断收敛的标准

如下截图所示，当计算所得分子的能量和梯度值（Value）大于阈值（Threshold）

时，将返回重新计算，只有当能量和梯度均小于阈值时，循环才会停止，此时即

可判断为收敛。

3）选用两种方法寻找

第一种方法流程如下：利用优化后的两种构型的分子，将一种分子的gjf文

件中的坐标复制到另一种分子的gjf文件中，修改计算方法和基组为#DFT

（calcfc,qst2）6-31G，保存后进行计算；第二种方法是，利用一种优化后的分

子构型，手动将-NH2基团转动至过渡态的位置，然后修改计算方法和基组并进

行计算。

4）两种方法寻找过渡态过程中分子的能量和梯度变化的曲线图如图3和图4

所示。

图3选用方法一计算所得过渡态分子的能量和梯度变化曲线图

图4选用方法二计算所得过渡态分子的能量和梯度变化曲线图

分析：图中每个数据点代表一次计算，从曲线的变化趋势可以看出，分子的

能量和梯度随计算步数step