病毒基因组核酸的主要类型ppt课件.pptxVIP

Chapter3Structuresfunctionsofgenome;Virusgenome;病毒基因组核酸的主要类型;RNA病毒基因组所携带的遗传信息一般在同一条链上，序列与mRNA相同的为正股（+），与mRNA互补的为负股（—）

3、双链RNA以负链RNA为模板转录出mRNA如呼肠孤病毒及噬真菌体。

4、单链负股RNA

5、单链正股RNA：如逆转录病毒

;病毒基因组结构与功能;7、相关基因丛集病毒基因组核酸序列中功能相关的蛋白质基因往往丛集在基因组的一个或几个特定的部位，形成一个功能单位或转录单元。

8、基因重叠同一段核酸序列能够编码2种或2种以上蛋白质。重叠基因虽然共用一段核酸序列，但转录成的mRNA链的读框不同，产生的蛋白质分子大不相同。

;;;VP2和VP3是一个基因通过mRNA剪接形成的不同编码产物。其序列相同，只是N端的长度不同，VP3的N端比VP2的N端短1/3，它们有相同的C端，只是N端编码区剪切掉的序列长短不同。

VP1是另外一个基因，晚期基因是一个重叠基因。VP1的起始密码子位于VP2和VP3的编码区的内部，阅读框不同。

VP1需要通过转录后剪接获得5′端非编码区即翻译起始所需的5′帽子结构，因此又是一个结构不规则的基因。;乙型肝炎病毒（HBV）

基因组;;不同毒株的HBV以负股DNA为模板转录的RNA均有4个开放阅读框架（openreadingframe,ORF):S、C、P、X。P与其它三个ORF重叠。

S区段编码病毒的外膜蛋白，由S基因、前S1区段、前S2区段三部分组成。主要蛋白即S蛋白（HBsAg)由S基因编码；中蛋白由pre-S2和S基因编码；大蛋白由pre-S1、pre-S2和S基因编码。;C区段编码HBV核心抗原（HBcAg),长约183~214个氨基酸残基。前C（pre-C)富含疏水性氨基酸的密码子，其编码产物可促进C抗原从细胞内排到细胞外，进入血液转变成e抗原。若pre-C缺失，将不会产生e抗原，而C抗原就积聚于肝细胞内。

P区段编码DNA聚合酶，富含组氨酸为碱性蛋白，是依赖于RNA的DNA聚合酶（逆转录酶）。

X区段位于C区段上游。

;逆转录病毒（retroviruses);▲非编码区

（1）R区:两端都有,20~80个核苷酸。

（2）引物结合区（primerbindingsite,PB):位于5端的PB区引导起始负链cDNA的合成，用PB-表示。

（3）U区：位于R区与PB区之间。U5与转录终止和加polyA有关???U3含强启动子，起始转录RNA。

（4）DLS、Ψ和C区。DLS是两条病毒（+）RNA链以氢键相结合的位点。Ψ为包装信号。可使RNA包入病毒颗粒；C区不编码蛋白质，为调控区。

;前病毒基因组的转录和翻译;人类免疫缺陷病毒（HIV）Genome;;;tat(反式激活基因）编码一种反式激活蛋白（transactivator,Tat),Tat是HIV基因组复制和基因表达所必须的反式激活因子。存在于两段分隔存在的基因部分。失去tat的功能则成为完全无感染性的病毒。

rev基因（regulatorofvirionproteins)编码产物对gag、pol、env、vpu、vpr、vif的表达有正调控作用，对nef、tat、rev的表达则行使负调控作用。;nef(negativeregulationfactor,nef)兼有正负调节效应。

vif编码病毒感染因子(viralinfectivityfactor,vif)

vpr编码病毒蛋白R(viralproteinR)激活基因的表达。

vpu:HIV-1

vpx:HIV-2;ProkaryoteGenome;;

6、编码区在基因组中所占比例远远大于真核基因组，小于病毒基因组。

7、基因组中重复序列少。一般为单拷贝，但编码rRNA的基因往往是多拷贝。

8、具有编码同工酶的基因（isogene).

9、细菌基因组中存在可移动的DNA序列，包括插入序列和转座子。

10、在DNA分子中具有多种功能的识别区域。;质粒（plasmid);质粒的分类;根据质粒能否在细胞间进行传递：

接合型质粒（conjugativeplasmid)：如F质粒，雌雄细胞通过性纤毛相互接触而结合，质粒便从一个细胞传递给另一个细胞。

非接合型质粒：

按复制机理：

严紧型质粒（stringentplasmid):即低拷贝数质粒

松弛型质粒（relaxedplasmid):高拷贝数质粒。

;质粒的特性;质粒DNApBR322;质粒DNA的提取;质粒的遗传控制