菠菜雌性(XX)和雄性(YY)基因组组装以及性别决定区域结构解析和进化分析.pdf

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摘要I

ABSTRACTIII

缩略词表VII

前言IX

第一章文献综述1

1.1植物性别决定研究进展1

1.1.1植物性别表型和性别决定系统1

1.1.2植物性染色体进化2

1.1.3植物性别决定遗传调控机制7

1.2测序技术助力性别决定研究8

1.2.1第二代测序技术在性别研究中的应用8

1.2.2第三代测序技术在性别研究中的应用10

1.2.3菠菜基因组研究进展11

1.3菠菜性别研究进展12

1.3.1菠菜性别遗传规律12

1.3.2菠菜性别分子标记研究进展13

1.3.3菠菜性别决定区域进展14

1.4研究目的和意义15

第二章菠菜基因组组装17

2.1材料与方法17

2.1.1试验材料和试剂17

2.1.2试验材料性型鉴定18

2.1.3试验材料测序18

2.1.4菠菜基因组组装19

2.1.5菠菜基因组组装质量评估19

2.1.6菠菜基因组注释20

2.1.7比较基因组学分析21

2.2结果与分析21

2.2.1菠菜性型鉴定21

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菠菜雌性（XX）和雄性（YY）基因组组装以及性别决定区域结构解析和进化分析

2.2.2菠菜基因组组装结果24

2.2.3菠菜基因组注释结果26

2.2.4比较基因组学分析30

2.3讨论32

第三章菠菜性别决定区域的鉴定35

3.1材料与方法35

3.1.1试验材料35

3.1.2鉴定菠菜SD区域36

3.1.3全基因组关联分析36

3.1.4K-mer比较法鉴定与菠菜性别相关的序列37

3.1.5生物信息学方法验证菠菜SD区域37

3.2结果与分析38

3.2.1菠菜SD区域包括一个14.10Mb的倒位以及10Mb的MSY38

3.2.2GWAS验证菠菜SD区域39

3.2.3基于k-mer分析方法鉴定与菠菜性别相关的contig40

3.2.4验证菠菜SD区域中倒位以及MSY41

3.3讨论43

第四章菠菜性别决定区域进化研究47

4.1材料与方法47

4.1.1雌雄reads覆盖度、SNP密度和遗传分化指数（FST）分析47

4.1.2转录组（RNA-seq）分析48

4.1.3菠菜性别决定重要候选基因筛选48

4.1.4菠菜MSY区域片段复制分析48

4.1.5性染色体间同源基因同义突变（Ks）和非同义突变（Ka）计算49

4.1.6菠菜SD区域重复序列分析49

4.1.7菠菜SD区域进化分析49

4.2结果与分析50

4.2.1菠菜SD区域序列发生分化50

4.2.2菠菜SD区域积累大量TEs52

4.2.3菠菜SD区域中的基因偏向雄性表达54

4.2.4菠菜性别决定候选基因筛选57

4.2.5菠菜SD区域中的MSY先于IV2区域发生58

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